1897年1月10日在過溝成立嘉義東門教會過溝支會，借用葉媽若之房屋聚會，1899年在其屋後建茅草式禮拜堂，但於1903年9月29日因地震而倒場，再借用葉媽若之子葉萬子所修復之子聚會，初期主領聚會由葉媽若暫理，於1908年教士會派劉建邦前來牧會，聖靈動工教會興旺，遂有建禮拜堂之議，而籌款建堂，此禮拜堂於1911年為颱風吹垮。為此，再得教士會支助，重建聖堂，以杉木為材，並購置禮拜堂之基地於教會名下。

　　在清朝時代，過溝庄原人口眾多，後因瘟疫而死了不少人，於是許多人因害怕而移居他鄉，自此過溝庄沒落了，教會也跟著衰退，經濟來源匱乏，在清朝統治台灣末期，眾會人數寥寥無幾，特別在二次大戰終戰前，禮拜堂為日軍強佔為醫務所，因此信徒聚會遷往一長老羅信之家舉行，直到大戰後。因教會經濟不佳，於1940年，中會將原隸屬於東門教會分會改為中會直轄，其後於1950年又改隸新港教會支會，甚至曾經有中會派員前來溝通，要求撤消過溝教會之存立，信徒改赴朴子或新港聚會，但為信徒所拒，信徒自覺應自強，1970年籌建目前的禮拜堂，於1971年舉行獻堂典禮，1988年購置禮拜堂前之地，於1994年建造完成三樓之之教牧館。