朴子教會於1899年8月22日由牛挑灣教會分設，主要為讓崁前、朴子、古林、楫子寮等地的信徒不須再長途跋涉到數里路遠的牛挑灣教會敬拜上帝。起初設立由陳璧玉、蔡超兩位醫生熱心規劃，並外籍宣教師甘為霖牧師的幫助，設立初駐牛仔宅（下灰窯），信徒以年額20元租一間房屋為聚會之所，後移往陳璧玉長老宅的源興樓上，又轉頂灰窯（俗稱大井頭）屠宰商吳天戶先生的房屋，然因信徒漸增，無法再容納，才由甘為霖牧師奉獻五百元買下養生堂的房屋。1904年得到東石郡桑原郡守暗中協助，以兩百元零壹角購得現址約六百多坪的建地，為教會現址。

經十餘年之努力，於1913年10月8日稟請中會核准為堂會，並於1924年興建完成第一座新聖殿。1928年敦聘汪培英牧師為本會第一任牧師，1931年7月27日舉行本會第一次封立牧師大典。1949年12月18日中會通過接納布袋教會為本會支會，是本會五十週年大典後向外開拓的開始。1956年黃東識牧師任期間擬定重建教堂，1958年間，鑑於舊聖堂過於陳舊，決議重建聖殿，於1959年完成獻堂，作為設教60週年紀念獻禮。1962年分設古林佈道所，直到1963年古林教會昇格為堂會。1963年本會亦完成興建新牧師館，舊牧師館則撥給托兒所使用。1966年本會為計劃慶祝七十週年事工，於召開和會時提出建議；奉獻儲蓄三年，每口十元，集資四萬元作為紀念事工之經費。此計劃至1969年順利完成並於1969年7月25日舉行七十週年慶典。1967年接辦東明托兒所成為本會附設事業之一（原創設始於1955年由本會吳耀明長老發起）。1969年2月為響應嘉義中會所推行的扶助弱小教會運動，本會受指定與新塭教會締結為姊妹教會。

1978年石清州牧師就任本會並封立為第九任牧師。1979年興建包含地下室共四樓的教育館，作為本會設教八十週年的獻禮。1986年至1989年完成新禮拜堂的興建，作為設教九十週年的紀念。1992年的復活節本會十字墓園完工。

1995年8月初陳信昌牧師接任本會第十任牧師。教會開始全力積極投入社區福音宣教工作，並配合社區需要舉辦各種社區活動，相對之下顯得空間有點不足，因而於1997年經長執會決開擴空間增建活動中心，原來三樓的牧師館則改為青年活動中心；而於三樓頂層增建新牧師館，於1998年6月完工，1999年8月29日舉行本會設教百週年暨視聽中心及新牧師館建置感恩禮拜。

2017年7月聘請林光世傳道師進入本會協助服事，並開始電梯興建、彩繪玻璃與教會牆面翻新整修的工程。2019年竣工紀念本會設教120週年，8月11日舉行本會設教120週年感恩禮拜並邀請西羅雅合唱團舉辦感恩音樂會。2021年林光世傳道師封立牧師暨就任第十一任牧師。