東後寮教會於未成立教會以前，信徒約有十多戶分佈在東後寮、上溪洲、下溪洲三個部落，都前往牛挑灣教會做禮拜，東後寮與牛挑灣相離約四公里，信徒的虔誠熱心聚會使東後寮信徒人數增加，因此考慮分設教會。
主後1917年2月剛好有一塊地在東後寮公路邊有一分九釐，地上有五間民宅要出售，於是就決定將此地買起來，經整備把客廳與兩房打通作為禮拜堂，即現今主日學合班教室的舊禮拜堂。主後1917年8月29日正式成立教會，開始禮拜的主理是由長執輪流，後來也請神學生來幫忙，主後1919年4月中會傳道部正式派神學生楊招義先生來本會赴任駐堂牧會。主後1965年教會信徒數大量增加，原有的禮拜堂已無法容納，就決定再另建新禮拜堂，於主後1965年5月新禮拜堂落成。
