主後1963年3月，李鴻麟牧師在嘉義東門教會牧會期間，李彬海長老向長執會請求在「田仔」附近開設佈道所，教會認為該地區日漸繁榮，實有分設教會之必要。

　　1964年春，李彬海長老新建自宅樓房落成（市宅街五十三號），自願將其二樓借給教會使用，約定期限十年（自1964年6月1日~1974年5月31日止），名稱「南門佈道所」，並即成立籌備小組，負責設立各種事奉項目，舉行主日學教學及夜間禮拜。1965年5月第一主日(5月2日)，開始上午禮拜，超初由母會輪派長執主持禮拜，當年9月神學生江顥昌先生受派至本教會工作。1967年3月，周神育牧師（自給牧師）受聘來此牧會。1969年8月，由廖榮源先生（兼任傳道）接任。1970年8月，周神志牧師就任東門教會副牧師派駐南門佈道所牧會，1972年1月起經費自理，主日學、青年團契、女宣相繼成立。當年二月由母會授職召開和會選舉長執。1973年7月24日，東門教會百週年慶祝大典，同時南門佈道所升格為支會，有鑑於借用聚會場所將屆滿，乃於1974年1月購得吳鳳南路17巷58號一棟占地一三九坪的日式木造平房，做為聚會場所。1976年9月謝連富牧師接任。1983年8月升為堂會。1983年10月謝連富牧師離任，由神學生張義生先生及卯思興先生繼續主持主日崇拜。1985年10月27日蕭文政牧師在本會封牧續任，至1988年9月30日屆滿離任。嗣後幸得施謙信牧師幫忙主理主日禮拜及週間一切聚會。

　　1990年8月1日鄂主常牧師就任，因有感於教會位屬都市計畫內道路預定地，惟恐被拆，經全體會友同意，乃積極覓地另行重建教會事宜，遂於1994年在「角仔寮」（信興街73巷3弄3號）購得佔地近百坪廠房，經整修後，教會乃搬遷至此繼續牧養事工，爾後，在教會旁又購得佔地約五十六坪的三樓透天洋宅，作為牧師館。預定2003年完成建堂目標。今教會除有會友家庭小組訓練、讀經操練外，也推動社區關懷之實踐，相繼成立社區好牧人基金、兒童才藝班、父母成長班、婦女才藝班、量血壓及每月出刊「頂寮社區公報」等活動，使教會帶動社區進入新紀元。