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宣教師杜佐志牧師（George Todd）來台任教於台南神學院期間，建議訓練大專事工人才，並認為應在成功大學附近建立教會，作為傳道據點。神學院教授彌迪理牧師、吳振坤長老依此構想，向東門教會提議，於1960年1月17日和會通過分設支會。當時租借勝利路與東寧路交叉口店舖為佈道所，定名為東寧教會，於1961年4月2日復活節開始聚會禮拜。
1964年4月5日起借用長榮女中禮拜堂聚會，並於同年7月15日昇格為堂會，隨即購買現址土地二百坪，於1966年11月開工建堂。建堂工程於1967年夏天完成，可惜忘了舉行獻堂典禮，直到1976年4月18日，舉行設教十五週年感恩禮拜時，才補行獻堂。其後，1979年購買教會後約廿坪土地、1984年興建教育館、1995年購買教會隔壁五十一坪土地及房屋，而有今日的面貌。本會禮拜堂無論外觀與內部富有本地風格，禮拜及恭守聖餐時，大家圍著聖餐桌，倍增同屬一個大家庭的親切感。
本會於大專學生服務中心成立後，逐漸轉型成為社區教會。1990年成立「文化研究室」，出版「東寧雙月刊」；1995年底事工研討會商議確定開拓社區事工的方向；1996年向市政府立案成立「台南市終生學習推廣協會」，開辦「社區學苑」及「東寧社區報」等事工；1998年接辦「台南市家庭關懷協會」，承辦政府委託「老人居家服務」、「獨居老人午餐外送服務」等事工。
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