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五十年前的後甲地區，在台南尚屬偏僻所在，除幾家大工廠外皆為農田。時裕農路為砂石路，東寧路尚未開闢。每逢禮拜日，後甲的信徒（林、蔣、許三戶）必步行到東門教會做禮拜。如遇風雨，諸多不便。東門教會為宣揚福音，遂借用許場伯庭院開始野外主日學。
1954年，母會東門教會撥五萬元為建築基金，並得外地人江萬里長老奉獻220坪土地。1956年8月6日（禮拜日設教紀念日）正式開始成人聚會與兒童主日學。1959年8月神學生蔡麟夫婦來實習兼任牧會工作兩年，隨後傳道師莊宗霖來赴任。時會友約30名左右。莊傳道師關心勞工傳道，定期到工廠傳福音，在教會也設圖書室、乒乓抬、以及聖歌隊，以供勞工休閒及靈修。
1960年選出第一任長老：曾來好長老及丁佳亨長老。1966年3月升格堂會，莊傳道師也被監選為第一任牧師。因會友繼續遷入，教會無法容納，所以小會開始籌募建築基金：這時全教會上下總動員：省吃儉用，有的跟會，有的每月定額奉獻，每週末青年到信徒家載破爛出售，甚至有姐妹撿破爛每月將所得的銅板整袋拿來奉獻。完成了第二期的建堂（一九七三年）── 這就是後甲教會前後能建築五期建物的精神。
1978年，因為托兒所需要，完成120坪的建築及教會的整修。1981年慶25週年時長老六名、執事九名、會友149名。1987年開始推行家庭小組。成立重建委員會，小會派四人小組負責購買前面120坪土地，以備重建綜合大樓時提供聚會場所。至1989年莊牧師盡程退休。1991年監選林英聖牧師為第二任牧師，至1997年。1992年新聖殿竣工獻堂，任內成立兒童才藝團契、推動“得勝者”國中生關懷事工。
1998年林宗正牧師就任後甲第三任牧師。任內以「合一」為第一要務；二、建立事工制度化，如：成立兄弟團契、家庭關懷小組之重建及強化、聖工人員之訓練及事奉祈禱、各部職責重新調整、長執輪替制度之實施等；三、推行社區工作，如：主日學改為兒童快樂週末營、表揚社區金婚年老者、籌設松年大學後甲分校；四、推行三福；五、完成牧育館的建築，以利托兒所上課及服務社區。
後甲教會現有長老八位，執事十一位，會友三百名，平均聚會約250名。祈求上帝帶領，能夠在後甲地區「為光為鹽」來榮耀主。
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