主後1975年7月1日台南中會任命許德謙牧師為特任牧師，負責開拓教會工作，並派林新村長老(東門教會)、李國樑長老(南門教會)為小會員，借用衛國街國語禮拜堂聚會。此為本教會的開始。
主後1978年3月，本會鑑於應有屬於自己的禮拜堂，乃成立「籌備建堂委員會」，並於該年4月9日召開第一次籌建委員會會議，討論建堂事宜。
主後1978年7月4日台南中會第四十八屆秋季議會通過准本會昇格為自治堂會。7月9日召開臨時會員和會議決覓地興建禮拜堂，並命名為「萬榮華紀念教會」，且於本會與中會內發動募捐。9月24日上午舉行首任牧師許德謙牧師就任典禮。
主後1980年8月10日，新建禮拜堂竣工，於當日正式遷至新建禮拜堂。1981年10月25日下午二時卅分舉行獻堂禮拜，由台南中會議長陳崑南牧師主持獻堂感恩禮拜。
1987年3月16日由歐進安牧師設立李國樑長老為名譽長老。
1988年7月17日由中會議長高明輝牧師主持設教十五週年及許德謙牧師盡程退休感恩禮拜。
1989年2月19日舉行本會第二任許天賢牧師就任典禮。
同年本教會北邊因台南中小企銀建大樓，致本會整棟建築物稍有傾斜，地下基礎結構龜裂受損，故請建商負責整修地下室結構並增建南邊特別格間「禮拜堂」、聖歌隊座位、禮拜堂前講台以及將本教會圓型之屋頂改為角型屋頂，於十二月全部完工。
1994年7月因教會增長，座位明顯不夠，原本計劃另開拓教會，因考慮植堂經費、地點等因素，長執會決定暫緩而將主日禮拜分早上八時及十時二場禮拜。
1994年6月26日潘雪雲教師於本會封立牧師並就任本會關懷牧師。
1997年1月5日聘林豐年長老為本會名譽長老。
1997年6月30日潘雪雲牧師任期屆滿，辭去本教會關懷牧師職。
1999年4月，本會許天賢牧師當選為總會議長。
1999年8月本會聘陳祐陞為傳道師，協助教會事工。
1999年9月21日台灣發生「集集大地震」，中北部地區傷亡慘重，本會撥
出存款之十分之一及兄姐奉獻共114萬餘元協助賑災。
2000年1月2日本會聘蔡福財長老為名譽長老。
2001年8月31日許天賢牧師任期屆滿，許牧師在本會服事期間共十二年又九個月。
2002年2月17日召開臨時會員和會，中會派中委牧師楊恆銘與中委長老莊淑儀主持監選，通過聘請陳祐陞傳道師為本會第三任牧師。
2002年3月17日於新樓醫院禮拜堂舉行台南中會陳祐陞傳道師(萬榮華紀念教會)、李愫真傳道師(小北路教會)及蔡主結傳道師(東光教會)聯合封立牧師暨就任受職特會禮拜。
2003年11月23日感恩節禮拜，地下室副堂完工正式啟用。
2004年1月開始長老執事輪休制度，期使更多兄姐有參與服事機會。
2006年7月2日設教卅一週年禮拜中聘王南豪長老為本會名譽長老。
2007年4月26日為教會長期性發展，託林清?長老以新台幣參百萬元整購買教會後面房屋壹棟(52號)，同年5月6日召開臨時和會接納購買，並做為主日學教室使用。
2007年7月1日設教卅二週年禮拜中聘吳主和長老為本會名譽長老。
2008年1月起增加華語禮拜(星期六)，由李怡茹牧師負責主禮，期使更多青少年有機會參與敬拜與服事。
2009年2月底陳祐陞牧師結束於本會牧會工作至台灣教會公報社，陳牧師在本會服事期間共九年又七個月。
2009年12月底李怡茹牧師結束本會華語講道暨青少契等服事工作，共達二年之久。
2010年元月教會後面52號主日學教室變更成為牧師館，內部整修及傢俱家電購置託總務部全權處理。
2010年4月11日召開臨時會員和會，中會派中委牧師黃主恩牧師及中委長老買木川主持監選，通過聘請林育仁牧師為本會第四任牧師。
2010年7月4日設教卅五週年禮拜中聘邱春雄長老為本會名譽長老。
2010年10月3日舉行林育仁牧師就任本會第四任牧師授職禮拜。
2011年2月20日本會聖殿主堂設備老舊編列新台幣壹佰參拾萬元託總務部與財務部配合，整修評估。計有修建南邊廁所，更新影音、冷氣設備、更新講台、隔音窗，並完成辦理消防安全設備檢修申報。
2014年7月7日設教卅八週年禮拜中聘林日益長老為本會名譽長老。
2015年8月31日林育仁牧師結束服事離任，在本會服事期間共五年。
2017年12月31日召開臨時會員和會，中會派中委牧師蔡安祿牧師及中委長老魏正宗主持監選，通過聘請王信安牧師為本會第五任牧師。
2018年7月1日舉行王信安牧師就任本會第五任牧師暨設教43週年感恩禮拜。
2020-2022年間，台灣遭遇新冠病毒(COVID-19)疫情，教會因著疫情實體聚會及原訂各項事工遭遇重大衝擊，在此困境中仍感謝上帝的保守引導及信徒們對上帝的堅心信靠，教會於2020年4月12日復活節慶祝禮拜後主堂美化更新工程開工，同年7月12日舉行設教45週年暨聖殿整修竣工感恩禮拜。
疫情期間教會開始學習禮拜人數分流，並以事工團契化、團契小組化的方向結合網路的運用發展各項線上聚會及小組禱告運動(RPG小組)，降低疫情所帶來的影響與不便。
