北門教會係福音來台百週年倍加運動（P.K.U）所增設教會之一，設立於主後1954年10月10日。

起初暫借愛主兄弟蔡能信兄之公園路新居聚會，亦可謂係北門佈道所前身。1954年10月10日由民族路、太平境兩教會共同借吳林妙姐妹的厝，正式設立為佈道所。1957年12月23日購得之禮拜堂修築刷新完成舉行獻堂式（原伯特利國語禮拜堂－公園南路巷內，現為富北街68號後）。

1958年7月4日台南中會通過稟請升格為堂會，1960年和會議決聘請在牛挑灣牧會之鄭彰恩牧師為本會首任牧師，至此方結束年年換講壇以在學神學生「牧會」時期。

1961年成立建築委員會計劃拆除木造禮拜堂，就地興建二樓聖殿，正當開始積極籌募建堂經費之際，又發現西華街一巷現址的教會用地，即派員進行接洽，地主同意以土地交換，只補貼差額之方式達成買賣。全教會不分男女老幼積極參與建堂奉獻及募款，1963年3月29日建堂竣工舉行獻堂式，新建聖殿是一棟正面三角針塔型加強磚造屋頂木造蓋水泥瓦二樓建築。後又經過增建主日學教室，併購鄰地，取得東北角民宅，購買前面國有畸零地等才使建堂用地達成170坪。

1963年7月首任牧師鄭彰恩牧師任滿離任。鄭牧師任內三年間除了使教勢大增，會友靈性長進，信仰堅固外，就是完成建堂的重任，及創立東光教會。

1963年余克賢牧師擔任本會第二任牧師。此時教會的成長情況仍穩定期轉入定型期，本會亦由南中B級堂會，躍入A級堂會。

1975年丁忠和牧師擔任本會第三任牧師，教勢漸進，並舉辦多次培靈、靈修、愛修等會，對鞏固會友靈命頗具功效。1981年突破家庭禮拜方式，推行信徒什一增長運動家庭小組，1982年開始訓練三元福音倍進工作人員。

1983年余克賢牧師重返本堂擔任第四任牧師，1986年1月16日余牧師在任內蒙主恩召息勞歸天。

1988年冬聰凜牧師擔任第五任牧師。1990年10月就本堂現有土地172坪重建聖殿，積極籌劃建堂事工，1991年聖殿重建期間聚會場地，商借用公園國小禮堂，舉行主日禮拜。陳昭穎長老亦同意提供東豐路二樓房無償借用，作週間聚會與牧師辦公室用。

1992年9月27日正式遷入新重建聖殿敬拜上帝及活動。同年12月25日普天同慶救主聖誕的日子，舉行重建聖殿獻堂感恩禮拜。

1995年丁忠和牧師重返本堂擔任第六任牧師，凝聚共識，為迎接設教50禧年，大家正向50-500的異象同心向前邁進，期盼在聖靈的帶領與賜福之下，屆時得以高舉主聖名，同頌主大恩。

2014年慶祝設教60週年，10月11日晚上7:30舉行60週年回顧感恩音樂會。10月12日下午2:30舉行設教60週年暨吳偉愿牧師就任第7任主任牧師感恩禮拜。