本會原係台南看西街教會所設立之分會。1979年1月母會之長執會決議:增設子會。因而成立專責小組,開始發起會友捐獻,並多方尋找適合傳福音之 地點。終於在1981年6月,以370萬購買舊址:和緯路四段之文聖商業五樓
公寓之一、二樓,建坪共71坪,分別當禮拜堂和牧師館,並命名為:文賢教會。
1982年6月20 日舉行設立感恩禮拜,因此將該日訂為本會之設教紀念
日。成立之初由洪憲銘教師牧養,並組委員會管理教會事務。1985年9月洪教師封牧,1986年4月舉行第一次長執會,1988年8月洪牧師離職。
1989
年11月楊振聲牧師就職。1990年7月本會獨立,升格為堂會並召開第一次小會,因楊牧師並未正式就任,由中會指派高明輝牧師擔任小會議長。1992年7月楊牧師離開, 1993年8 月林培松牧師就任文賢教會第一任牧師,直到2007年12月盡程退休。
由於聚會人數增加,以及青少年活動的需求,教會之使用空間稍嫌擁擠。早在 1988年,本會就已經為將來要建堂而設立建堂基金,並鼓勵會友為此奉獻。因此,全體會友在林牧師之帶領下,同心協力對內、外募款。2008年5月11日下午一點舉行「定礎禮拜」,5月26日開始動工。感謝上帝的帶領,終於在2009年8月於文賢二街的全新興建五樓之教堂竣工。同年11月22日舉行獻堂感恩禮拜。
第二任 薛宇勝牧師任期自2010年8月至2017年8月。第三任楊琍琍牧師則自2019年2月接任至今。本會位處於新興建之社區,附近公共設施完善,商業發達,居民教育與經濟程度較高。要在此社區傳揚上帝國的福音,除了加強會友本身信仰的造就外,尚須走入社區。本會自新教堂竣工,獻堂以後,曾經推展各項社區事工,如學校的得勝者教育事工、急難救濟食物銀行、載送安養院的住民來教會參加主日禮拜、里民活動中心老人服務、親子共學園等。期望能藉由社區活動加強與民眾的接觸,將基督的愛化為實際行動,做光做鹽,達到宣教目的。