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頭社教會創立於主後1870年（明治3年）。最初是因連君顯及潘翁伯兩位先生因病就醫，得到馬雅各醫生的醫治而得康復，同時接受福音成為基督徒。回頭社後共同建築一間茅屋為禮拜堂開始聚會，此為頭社教會第一次建堂。後來信徒逐漸增加，為了禮拜方便，而於1884年另建一較大的禮拜堂。但到了1928年，因信徒大增，於是重建一間磚造的禮拜堂供聚會使用。
到了1964年，由於發生大地震，禮拜堂因而全毀，於是在當年七月又重新建聖殿，此次以鋼筋水泥為建材，為較堅固之建築，亦是今禮拜堂一樓部份。又於1969年，為了事工上的需要，加蓋今之二樓部份。於1970年完工，為今之禮拜堂。
在1986年，由於考慮教會發展之需要，於是在禮拜堂東面，新建一牧師館，一樓為教會行政空間，二樓為牧師住所。且在1990年，著手改善原有禮拜堂之屋頂及內外觀整修，使其成為如今之現況。
頭社教會在這130年的歷史中，在1903年開設玉井教會（而當年稱之為焦吧哖教會），且曾在1930年7月分設大內，但因第二次世界大戰而中斷，後來由善化教會重新開設。另於1960年分設湖頭教會及將官田鄉之大崎和社子兩村的信徒分屬隆田教會。大內鄉之新厝村的信徒分屬大內教會。
頭社教會在這130年的歷史中，總共經歷了三十九位傳教師，當中有三位牧師。同時培育了三位牧者（連鎮木，連瑞和，毛恩賜），希望以後能培育更多上帝的僕人，以榮耀上帝。
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