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主後1936年部份高雄縣內門鄉木柵教會信徒遷入，當時主日皆結伴至木柵、玉井或岡林教會聚會，因時值日治時代，受種種困擾致使信徒靈性低落。
主後1941年初得永康教會李傅牧師及陳大鑼長老、陳網長老等之鼓勵開設佈道所，並得南化信徒戴梯、王啟順、鄂朝班、李連英等的協助支持，聘請夏禹傳道師為首任傳道師。主後1941年5月17日召開第一回小會推荐鄂朝班、李連英為長老，王連福、王茂丁、王陳瓊花、力丁旺等四位執事，1942年底夏禹傳道師辭職回澎湖，佈道所之聚會停止。
主後1942年再得木柵教會信徒及台南中會直接鼓勵重新成立佈道所，信徒恢復聚會，1945年再次結束佈道所聚會。
主後1949年由台南中會直轄設立南化福音堂，在南化租屋為禮拜堂恢復聚會，中會派遣卓良（卓基良）長老駐南化尋找昔日信徒。主後1954年8月，兵明妥牧師到任後積極籌募購地及建築基金，教會名稱由南化福音堂改名為南化教會。主後1955年購後現址，用土角建造第一間禮拜堂及小厝。主後1959年因八七水災，聖殿受水災影響大部份受損，中會於同年再派卓良（卓基良）長老前來籌備修建聖殿，於主後1961年三月重修完成
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