百年前就有基督徒在大目降附居住，主後1915年1月1日，李照耀長老等數名信徒謨議，由新和教會劉俊臣牧師主領，成立新化教會。起初新化信徒在王公廳後方租一間閒置的土确厝牛廄聚會，2年後原租處破爛不堪使用，遷往李照耀長老住處聚會。因缺乏傳教者前來駐會，乃洽請台南神學院派遣神學生前來協助聖工之推展，後因信徒增加，李照耀捐出土地600坪建堂，1922年5月第一代紅磚瓦禮拜堂落成。自此教勢日隆信徒益眾。

1953年9月4日分設口埤教會，1956年又創辦「育英幼稚園」並獲台南縣政府准予立案，1971年5月23日舉行現在的新堂之奠基禮拜，同年11月12日舉行新會堂獻堂禮拜，1976年7月重建牧師館一座，於同年12月31日舉行牧師館落成感恩禮拜，1999年6月1日正式完成教育館它建立於禮拜堂之後方。

2015年慶祝設教百週年，舉辦百週年慶系列活動。2015年1月18日舉行設教百週年感恩禮拜；8月9日主日禮拜舉行「百週年慶家庭節」，邀請教會家庭會友家庭介紹各家庭特色。新化教會歷經百年發展，社區事工也從過去的幼兒教育，拓展到今日開辦松年大學、品格學校、英語查經班，教會各團契與小組牧養關懷，持續關心地方弱勢、青少年及長者。