南台教會先於1990年元月7日由台南中會民族路教會在台南市安南區安和路一段77巷81號李?予n妹府上開設佈道所;同年8月5日成立安和教會為民族路教會之支會,聘許敏政牧師牧養羊群。1991年3月22日購教會現址,遷教會至此;至1993年7月6日台南中會第63屆秋季議會通過升格為堂會,同年10月許敏政牧師就任第一任牧師。其間歷經許牧師離職,陳光明牧師接續直到1998年7月離任,由中會派傳道師楊隆江接任。購堂貸款1300萬已於1999年5月23日全數付清,楊隆江傳道亦於同年11月5日封立成作本堂第二任教師迄今。
南台教會設教10年,教勢雖中有波折,但仍呈穩健成長。南台教會現址位於台南縣永康市南台街13巷60號,位於台南市與台南縣之交界,過境道路中華路上中華陸橋邊。社區內有二大福音工場即奇美醫院與南台技術學院。在療顧關懷與學生事工上可更為主動功。
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