十二石教會的前身為台南南門長老教會國語部。1950年1月台南南門教會升格為堂會，5月即開始國語禮拜，8月18日封立劉晉奇為第一任牧師，11月開始英語禮拜，1951年，請王美瓊教士為南門教會同工，協助國語、台語二部工作。1952年8月聘閻靜平牧師為國語部專任牧師。

經過多年發展，2009年7月9日成立台南南門國語教會。

2014年，第84屆台南中會決議協助南門國語教會建堂事工。

2014年7月10日台南中會第84屆秋季議會已通過，台南中會財團法人所屬建平十四街新南段42之6號土地無償借予南門國語教會作為聚會建堂用地。南門教會依照「南門教會與南門國語教會協議書」，為南門國語教會奉獻，8月6日將奉獻款匯入中會帳戶。台南中會行文南門國語教會應備妥建堂所需之文件，提供予台南中會財團法人以辦理相關手續事宜。依照南門教會與南門國語教會協議書，請南門國語教會2014年10月15日以前遷出南門教會現址。設立南門國語教會建堂專款帳戶，成立建堂專款帳戶管理七人小組（資料來源：台南中會網站 http://tainan.pct.org.tw/?p=12514）。

2014年11月起南門國語教會在郡王里活動中心禮拜。

2015年7月9日台南中會85屆秋季議會正式通過「南門國語教會」更名為「台灣基督長老教會十二石教會」簡稱十二石教會。