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英國長老教會海外宣道會差派宣教師馬雅各醫生，來台灣宣教。於主曆一八六五年五月廿八日登陸打狗港旗後(高雄市旗津區，正式受派宣教師登陸的第一站)，十九日後一行人轉往台灣府城看西街(台南市)租厝行醫傳道。後因被暴徒包圍投石逼害，於同年七月十二日返回打狗於通山街(高雄第一街)朝日鐵工廠處租一間店面傳道醫病，隔年六月於旗後山腰(高雄燈塔下的台灣機械公司修理工場旗津修船塢處)買地起醫館，建築聖殿，這間就是台灣基督長老教會第一間的禮拜堂，名叫〝打狗禮拜堂〞。同時亦為著紀念盡力研究熱帶病症，有熱帶醫學之父的萬巴德醫生，醫館名是〝慕德醫館(打狗醫館)〞，這間是台灣第一間西醫醫館。後來也招募學生，只有一位名叫林晟得到醫學文憑証件。所以也是台灣第一間的醫學院。
台灣基督長老教會第一次的聖禮典是佇主曆一八六六年八月十二日由宣教師為霖牧師為初結的四粒果子：陳齊、陳清和、高長、陳圍4人施洗並主持聖餐禮拜。因此宣教師以打狗禮拜堂為根據地向內陸的埤頭(鳳山)、阿里港(里港)、阿猴(屏東)、東港、木柵、拔馬、崗仔林(左鎮)、東海岸擴展上帝國。同時為欲培育傳道人材，招募青年授業，因此宣教師們成立“打狗傳教師養成班”，所以旗後教會就成為南部宣教中心。
馬雅各醫生佇旗後教會三年之後，再轉往台南的二老口(舊樓)做傳教的發展地，打狗禮拜堂就由首任宣教師李庥牧師夫婦負責。而巴克禮牧師也將宣教的中心遷移到台南，教士會於一九一六年決議廢掉打狗醫館賣地，以便彌補台南新樓醫館的新工程，本堂會周瑞長老以日幣貳仟元分五年付款給教士會，購買奉獻給教會。一九三一年二月十七日升格為堂會，一九三三年四月三日愛兒園開園典禮，一九三五年巴克禮牧師於現址破土興建新聖殿。升堂會首任長老，王江長老為修建圍牆被磚頭壓著，永息主懷。南部教會於五十禧年時接到馬雅各醫生的信函，講：伊首先傳道於打狗、埤頭、台南。又有周瑞長老獻地，旗後教會才能扮演光照台灣的第一點。
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