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26年前，本區就有查經祈禱會，這是本教會的前身。本教會所在地地名是「援中港」，是高雄市最北的郊區。原有信徒13戶，都在右昌教會做禮拜。
一九七六年二月廿八日右昌教會定期和會時，吳天齊、曾石、李偕得、李青龍等提案購買建堂用地，雖經和會通過，但一直找不到適當的土地。
一九七九年二月四日定期和會時翁天惠牧師提議將援中地區的範圍擴大到華夏社區，但吳天齊長老堅持要在援中地區購買建堂用地，並經和會通過。二月十三日買下教會現址及建物，並組織建堂籌備會，募得現金及備品約一五○萬，同年四月二日，任職會決定教會名稱定為「台灣基督長老教會援中教會」，並由右昌教會選出十二名代表負責各種事工，十二月十六日本教會創立，是為「支會」。
一九八○年五月十八日舉行開幕獻堂典禮。當時由右昌教會小會選派四名執事負責各種事工，同年七月三日林仁賢牧師赴任；十一月廿五日選出長老二名、執事四名。
一九八一年一月廿五日中會接納本教會昇格為堂會，並派員監選牧師。二月廿二日召開和會監選林仁賢牧師，獲滿場一致通過。三月廿二日舉行林牧師就任本教會首任牧師典禮。此後教勢日日進步，又組織青少年團契、聖歌隊、婦女團契、主日學。
一九八四年三月廿二日續聘林仁賢牧師(無限期)
一九八七年十月與北鄰交換土地，讓實際使用與地籍圖形狀吻合(原土地依地籍圖為三角形，無出口)。
一九九○年七月九日林仁賢牧師提出辭職，於九月廿六日離任；由中會派曾大榮牧師擔任本教會小會議長
一九九一年七月廿一日高榮泰牧師就任為本教會第二任牧師。
一九九四年七月廿日高牧師離任，由中會派莒光教會鄭信助牧師擔任本教會小會議長；並經申請而分配到林弘宣傳道至本教會牧會。
一九九六年七月卅一日林弘傳道離任。
一九九七年起中會改派右昌母會鍾肯仁牧師擔任本教會小會議長。一九九七年七月一日謝薰芳牧師赴任，並于八月廿四日舉行就任禮拜，成為本教會第三任牧師。因為發現教堂建物之產權為原地主所有，至今未辦過戶，故于一九九八年九月廿日召開臨時會員大會通過教拆除重建案。于一九九九年七月十一日舉行開禮拜，動工興建新的宣教大樓。
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