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楠梓基督長老教會創立於主後一八六七年，英國宣教師李庥牧師在旗後開辦神學校，當時神學生往台南，必經楠梓，並在此地宣揚福音真理。
主後一八七二年，英國人馬雅各醫生來台灣設教第七年，在橋頭設立教會建設教會，稱為「耶穌安息堂」。信徒日漸增加，因而於主後一八八九年向英國教士會請求將「耶穌安息堂」。由橋仔頭遷到楠梓街，稱為「耶穌教堂」。
主後一八九五年日軍佔據台灣，楠梓百姓大部份逃避，唯傳道師黃能傑盡忠守職，看守禮拜堂。後來，教會頗受日人信任，信徒被視為良民。堂時教會大復興，有許多百姓悔改信主。一九二八年八月在楠梓正式興建禮拜堂，於一九二九年十月舉行新禮拜堂獻堂禮拜。
主後一九七二年，慶祝設教百週年紀念。在百年中間在一九○四年分設舊城、一九○九年分設阿公店、一九五○年分設橋仔頭、一九五六年分設仁武、一九六五年分設屏山、一九七一年分設大社六所教會宣揚主的福音。
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