主後1904年顏萬宋等3名漁夫前後染病，至台南新樓病院治病，因而得著道理，回到望安鄉後自行在王賢的住宅聚會禮拜，繼續追求信仰，1906年正式設立花宅教會。

主後1914年建築簡陋的聚會場所。到主後1938年宋博士來台培靈佈道，在現場募捐得當時日幣四佰捌拾圓，改建現在的禮拜堂。

因年久屋頂毀壞漏雨，于主後1981年初整修屋頂。1986年八月「韋恩颱風」登陸澎湖群島造成老舊教堂崩塌無法聚會，李啟耀傳道師商得花僑顏阿岩長老與張龍江長老夫婦鼎力協助策劃與奔波，重建了一幢望安島最漂亮的建築物─花宅教會及一幢美觀實用之雙層教育靈修館。

本堂於1965年十月十二日分設教會於將軍澳嶼，即現今之將軍教會。  

2013年起由退休牧師宜信一協助牧養，每週日上午，宜信一牧師從將軍嶼搭船15分鐘過來主理8點的禮拜，然後趕回將軍教會主持10點半的禮拜。2016年4月26日舉行設教百週年感恩禮拜，由將軍教會小會議長、啟明教會牧師張志中以「記念」為題講道，引用希伯來書13章7節勉勵會友，每戶家庭獲贈《花宅教會建堂百週年紀念冊》。