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主後一八六七年四月廿六日宣教師馬雅各醫生派其助手吳文水及黃嘉智兩人前往埤頭(鳳山)暫借小房屋舉行每天佈教，同年七月七日馬醫生在埤頭之北門(新庄子四十六番地)購買一所房屋為禮拜堂，他常住在埤頭與兩位助手開始行醫傳道，至年底約有廿名會眾。當初英國教士會派吳文水及高長為首任傳道師，至一八六八年受英國母會派駐台灣宣教的傳教士李庥牧師常由打狗(高雄)來鳳山幫助傳教工作。同年四月十一日遭遇埤頭迫害事件，當時傳教師高長於返回禮拜堂之歸途上，因代替一女人辯明不是飲教會毒茶發狂時，受暴徒毆打，而後不但被監禁在縣獄(虎頭監獄)而且禮拜堂也受衙門所指揮的暴徒拆毀，鳳山擾亂之時，信徒逃到旗後避難。
一八六九年一月三十一日由李庥牧師重建本禮拜堂，同年五月由李牧師舉行第一次聖禮典，信徒都有自養自給的精神，決定由自己維持教會的經費。一九０一年開設主日學，一九一四年八月興建新禮拜堂，一九一五年二月廿六日獻堂。一九二三年二月十八日分設高雄北野町教會(鹽埕教會)，一九三三年九月開辦幼稚園。一九三四年四月延聘牧師潘金聲為本會首任牧師。一九三五年一月開辦青年會。同年十月一日在大樹分設佈道所，一九三八年五月十日第二任洪萬成牧師於本會封牧。
歷經戰亂;蒙上帝恩典：大東亞戰爭中多數會友疏散到偏僻鄉村度活，教會變荒廢之狀態，空襲激烈時，常借會友家庭聚會，信徒精神上的打擊、物質上的缺乏只得求主安慰。蒙上帝恩典於一九四五年八月十五日，日本投降，疏散的信徒由疏散地陸續歸返，以致教勢迅速復原。歸返當初彭林芳長老發現教堂損害不堪，在愛主之情趨使下獨力修理聖殿，以便敬拜上帝。並與會友協力建造禮拜堂後庭之圍牆並增建講台及祈禱室。一九五０年二月洪萬成牧師為第三任牧師，一九五四年改建大禮拜廳及前塔，加添大方美觀。一九五七年一月八日封立陳降昌牧師為本會第四任牧師。一九六二年三月聘姚正道為本會第五任牧師。一九六七年四月廿六日舉行本會設教百週年感恩禮拜暨培靈大會，恭請總會總幹事鍾茂成牧師主持感恩禮拜。
分設多處教會：設教百週年不僅美化教會環境，使教會煥然一新，同時，分設教會為慶祝百週年之紀念事工。因此一九六八年分設後庄教會(今之鳳屏教會)。一九七二年興建教育館至一九七四年六月十六日完成。一九七八年三月廿六日分設仁美教會。一九七九年六月四日修築禮拜堂屋頂，重新裝潢、油漆內部及整建四周環境至十一月廿五日完成。一九八一年七月五日姚正道牧師離任，無牧期間，長執同心協力成立家庭小組加強對信徒之關懷與造就。一九八二年七月廿九第六任蕭棋田牧師就任。
蕭牧師就任後積極加強推動教會增長事工，引導全教會邁向設教一百二十週年。一九八三年購置全套閉路傳播系統增設副堂作為設教一百一十六週年紀念。一九八四年八月廿三日遷移牧師館至教育館二樓東邊，把原牧師館修築為幼稚園特殊教室，以加強幼稚教育。並一九八五年十一月增購土地作為鳳山教會墓園用地。
新事工異象：一九八七年慶祝設教一百廿週年，與台南神學院配合，開設瑞竹社區服務中心，且擬定130週年事工異象，積極改進軟體的組織體制的變更，增加長執名額，以作為教會轉型預備。硬體方面於一九八九年建立一棟四層的社教中心以確實推展社區服務事工。一九九０年九月九日蕭棋田牧師就任主任牧師，封立葉雅娜教師為教育牧師，以加強信徒造就，為130週年奠立預備的事工。
"一九九一年十一月十三日本會公墓啟用，並於一九九三年四月廿五日設教126週年設教紀念日命名迦南園，墓園禮拜堂為懷恩堂。在這些周邊的事工逐漸完成之後，更以28名長執的堅強陣容以及二位牧師的續聘，來推展教會整體規劃。在一九九五年八月六日臨時會員大會通過禮拜堂的重建，預計可容納八百人，經費預算為9500萬元，分五年籌建。1996年9月16日通過委任迦南聯合建築事務所規劃設計及監造。1998年8月20日通過以8600萬元(不含稅)由健華營造有限公司承包本會新建聖殿之土木工程、水電工程及空調工程。預計於2000年底完成，並於2001年4月本會設教134週年舉行獻堂典禮。一九九一年十一月十三日本會公墓啟用，並於一九九三年四月廿五日設教126週年設教紀念日命名迦南園，墓園禮拜堂為懷恩堂。在這些周邊的事工逐漸完成之後，更以28名長執的堅強陣容以及二位牧師的續聘，來推展教會整體規劃。在一九九五年八月六日臨時會員大會通過禮拜堂的重建，預計可容納八百人，經費預算為9500萬元，分五年籌建。1996年9月16日通過委任迦南聯合建築事務所規劃設計及監造。1998年8月20日通過以8600萬元(不含稅)由健華營造有限公司承包本會新建聖殿之土木工程、水電工程及空調工程。預計於2000年底完成，並於2001年4月本會設教134週年舉行獻堂典禮。"
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