1960年代，東港教會教會設教，東港教會設教百週年，就預定烏龍地區為優先分設教會地點。直到1993年，東港教會才於和會中通過在烏龍地區分設教會，並派新任傳道師李世昌擔任關懷烏龍地區的區長。

1997年，東港教會130週年慶，希望實踐在烏龍地區分設教會的計畫，但時機尚未成熟而分設未成。2000年，東港教會宣教計畫預定2005年分設教會。2001年，東港教會通過分設教會案。

2003年初，經多方評估，於東港鎮大潭里與下?里之間租賃一間二層樓房屋及其周圍空地，費用由母會東港教會支出。

2003年4月20日舉行大鵬灣教會開設感恩禮拜。10月11日舉行蔡松柏傳道師封立牧師，就任東港教會傳道牧師，派駐大鵬灣教會第一任牧師，2004年12月31日離任。

2005年8月，黃明安傳道師派駐牧會。2006年8月，邱靜宜傳道師隨夫受派。除快樂兒童營事工，2005年10月起與台灣世界展望會合作課輔。

2007年7月3日屏東中會第42藉第二次議會通過升格堂會。

2009年4月19日，黃明安、邱靜宜傳道師封立牧師，就任大鵬灣教會第二任牧師、教育牧師。

2015年3月24日接到房東要求3月底搬家，否則調漲1.5倍房租，面對這樣的處境，教會只好一邊繳高額房租，一面尋覓建堂用地。

大鵬灣教會的社區陪讀班受到好評，教會會友僅有20多人，但社區陪讀班學生有50多人，幾乎一週7天都有活動，也深受社區家長信賴，得知這項消息，家長比教會更急，分頭替教會尋找可建堂的地方。

大鵬灣教會預計2016年3月底搬遷，推出「建堂豬公」希望每個家庭從現在養到2015年11月感恩節，許多外地朋友也紛紛響應。目前預定地前方還有500坪農地廣場，地主同意未來讓教會無償使用，可供孩子活動，但購地後經費已用罄，期望打造的2層樓教堂，需要更多朋友奉獻。