一、開拓期
在1962 年時，曾任職於奇美教會的賴阿茂長老，離開奇美村老家遷移到花蓮的北埔，在他來到前，北埔早就有些信徒存在，卻沒有人帶領他們聚會。這時，賴長老便主動的探訪召聚他們來聚會，當時北埔地方沒有教會。因此，賴長老便帶著信徒從北埔走到嘉里村之卡來萬教會作禮拜，( 約有三公里的路程)。1963 年北埔的信徒開始在卡來萬教會聚會，當時的傳道是潘阿美宣道師。經過三年的時間，多數信徒雖風雨無阻徒步往返，卻感交通不便，1966 年，信徒決定離開卡來萬回到北埔，租用信徒王興泉弟兄住宅作聚會場所。直到1970 年1 月20 日，這期間的聚會都由賴阿茂長老負責，聚會人數大約14名。同年5 月15 日，在中美教會( 現改名迦琳谷教會) 牧會的林進明宣道師，自動前來北埔協助開拓的工作。本會也因此升格為北埔佈道所。
1978 年2 月2 日，阿美中會鑒於林進明宣道師在本會開拓有成，教勢進步，因此中會正式派任林進明宣道師為首任傳道師。為了使信徒有正式的教會聚會禮拜。林宣道師與長執洽商，也得到平地教會接納後，決定從3 月5 日起與東部中會北埔佈道所同用一間禮拜堂聚會，借用至1985年9 月16 日止。
二、發展期
1980 年林進明宣道師任期屆滿而離開北埔。於1981 年7 月，甫自玉山神學院畢業的洪玉妹傳道師到本會牧會。本會在洪傳道努力下，教會事工逐漸發展。當時北埔地區阿美族人口逐漸增加，都由外地找工作移居而來。依據1982 年度的教勢統計，陪餐會員44 名，慕道友42 名，兒童31 名。每主日禮拜人數平均約20 名。
1983 年7 月洪玉妹傳道因待產休假一年，期間由玉山神學院教授張明佑牧師代理牧會工作。翌年6 月本會名稱定為「北星基督長老教會」，張明佑牧師協助本教會至1985 年7 月中旬止，約有二年的時間。同年9 月16 日，教會由北埔社區遷移
到華陽社區，租屋華興街172 號為禮拜場所。1985 年9 月阿美中會准林茂德傳道自願來本會牧會，於10 月13 日林茂德傳道正式到任就職，牧養本教會。
1984 年5 月23 日召開臨時信徒和會，
議決購買三棟國宅( 設計改為教堂)，6 月開工，11 月竣工。1986 年7 月本會升格為堂會，到了11 月2 日林茂德封立牧師及就任本會第一任牧師，12 月16 日由租用的華興街國宅聚會處，遷移至新的教堂( 現址) 至今。21 日正式啟用新教堂，並舉行第一次主日禮拜。
三、教會現況與教勢
教會禮拜堂在1997 年前後教會擴充時，將講台( 原空地的19 坪) 部分及教會前庭約30 坪搭鐵皮棚架。這實際上已占用了他人的土地。因教會發展有必要這塊土地，2001 年3 月間便貸款而先購買前庭部分。阿星阿曼牧師受聘後於同年7 月1日到任。有關購買講台之土地及隔壁約有62 坪的土地，經任職會討論後同意再貸款購買，後向原宣財團法人登記並取得土地所有權狀。
2002 年2 月，承辦「原住民青少年成長班」，關懷社區的兒童及青少年的課業，以此開發教會對外宣教的事工。同年4 月開辦「原住民社區大學」，以造就社區居民的目的。為藉重剛從美國回台的高清玄牧師，豐富的牧會及學識，2004 年四月經小會同意聘為本會副牧，掌理協會及松年事工。同年6 月14 日高清玄牧師就任，6月27 日本會設立「花秀原住民社區關懷協會」。2005 年6 月19 日，本會與門諾基金會合辦「老人日托班」，一星期二日課程來關懷社區老人。2006 年8 月14 日，阿美中會第44 屆秋季會議通過教會更名為「巴扶以善教會」。
