一、基督福音的傳入與萌芽（1934 --1945）
1934 年，甫自淡水牛津學堂畢業的許南免宣道師（Afang），受北部大會派任至鳳林郡上大和（現今之光復鄉）地區開拓傳道。起先，他宣教的對象是漢族；但是三年之後，卻引領了二盲一跛三位阿美族人信主，成為馬太鞍部落初熟的果子。爾後，二盲之一領其胞妹曾玉蘭（Linga ’oping）歸主，1936 年受薦入學淡水婦女學堂；18 歲已嫁作人婦的她，二年學成之後歸鄉，成為許南免最得力的助手。
當時由於日本警察不允許族人信仰基督教，處處監視和逼迫，族人們只得秘密聚會；而許南免為了遠避日本警察的迫害，1944 年他悵然地離開上大和地區，隱居在玉里萬寧山區；至終在二次大戰前，上大和地區信主的族人們突破了50 餘人之多。
二、戰後教會的建立與茁壯（1946 --1962）
1946 年，飽受烽火煎熬的初代信徒們迅速地展開家庭聚會，經鳳林教會徐復增牧師的關懷與協助，不久便建立起「光復教會」；益以解甲歸田的青年們---- 陳志豐、楊賢造、吳建豐、宋正清等，紛紛進入玉山神學書院就讀，畢業後也先後駐牧光復教會，教勢急遽上揚，馬太鞍部落頗有全村歸主之勢。未幾，天主教傳入，引發「救濟品」和「豐年祭」風波；造成宗派勢力的消長。
1952 年，宋正清宣道師（’Afo ’Apak）駐
牧本會，教會的教勢持續地蓬勃發展；特別的是，他動員了教會聲勢浩大的「青年聖歌隊」及先聲奪耳的「光基西樂隊」，並親自領軍走向四面八方的阿美族部落，經年累月地徒步宣教、佈道，使得花東許多部落，教堂有如雨後春筍般地興起，這輝煌的史頁也使得光復教會博得了阿美教會之「耶路撒冷」的美譽。
三、教會建堂及平穩的進展（1963-- 1979）
第三座教堂於1957 年動土興建，施工期間卻因經濟拮据、人事紛擾等接踵而至，興建工程幾乎棄置，並延宕了八年；甚而成了他教派的笑柄；慶幸的是許伊度牧師（Ido Kaniw）接任駐牧，鼓勵信徒重拾信心，奮力實行開源節流計畫。感恩的是，1966 年的獻堂禮拜正好與「基督教在台宣教一百週年東部地區紀念大典」同時舉行，真可說是苦盡甘來、雙喜臨門。許牧師在獻堂之後，努力推動各項聖工，諸如阿美語文識字班、農民福音學校、婦女「福音話劇佈道隊」；再者，舉行大型培靈佈道會、引進「儲蓄互助社」和建設「許南免牧師紀念館」。尤有甚者，乃是重啟部落「豐年節慶」之門，在沉寂四分之一世紀之後，教會重新融入部落文化活動，促成部落的融和與團結，也為「社區宣教」開起了另一扇窗。
四、教會復興與異象的更新（1980 --1990）
牧會30 年的許牧師渴望看見教會教勢的提升，1980 年，他遠赴韓國參加教會觀摩，深感「禱告」是教會復興之鑰；於是經過二年的晨禱呼求，又加上親自和一些信徒們到苗栗禱告山真實地經歷了「靈恩」，禱告之火在教會終於點燃了起來；由於信徒們的靈恩見證不減反增，教會全體自然形成一股火熱追求主、事奉主的氛圍。
1981 年起，每年舉行二屆的「東部基督徒禁食禱告退修會」都吸引來自全國各地的信徒們來參加，盛況最旺時幾乎達到6000 人次；在長達10 年的歷屆聚會中，其所引發對禱告和教會復興的渴望，都深具有長遠的影響。為了因應花東信徒們的造就場所之需，1981 年斥資興建了「教育館大樓」，又為了「退修會」之需，1984 年製造了大型鐵架與帳篷，並大量添購寢具。1987 年更正式地舉行「東部基督徒祈禱院」的奠基感恩禮拜，以備東部萬民禱告的殿宇。
五、教會帳幕的擴張與延伸（1991 --2001）
進入1990 年代，「禁食禱告退修會」的熱潮已然出現消退的趨勢，加上核心牧者們之間合作默契有了鬆動，因此日後興建「東部基督徒祈禱院」的重任不但全由光復教會獨挑大樑。1995 年獻堂禮拜時，祈禱院更名為「東部
基督徒哈利路亞祈禱院」，然而，逐漸失溫之勢，每況愈下。
1995 年，教會慶祝「設教60 週年」慶典之後，開始尋思「感恩節慶本色化」的可行性，經過六年漸進的嚐試與努力，終於在1998 年首開先例，正式推行「本色化感恩節慶」；期盼以上帝的新眼光看待自己阿美族的文化，使其生生不息地提升為對上帝崇高的敬拜與感恩之祭。
是年，教會也正式加入「泰北阿卡族」的宣教行列；1997 年成立了「松年大學光復分校」，嘉惠阿美中會松年長者們的終生學習。1999 年起，每年配合觀光局縱管處「聖誕節燈會」的節目演出；此外，2001 年更與鄉公所合作興建「部落教室」，開放給族人、團體使用。
六、建造健康與榮耀的教會（2002 --2011）
2002 年2 月9 日，許伊度牧師自牧養近四十年的光復教會「榮退」，緊接著於3 月2日，將牧養的棒子交付予擔任副牧七年的陳約翰牧師（Calaw Lo^oh）手中，這是教會世代交替和傳承的歷史性時刻。
同年7 月，教會孕育多年的「主日禮拜更新」計畫正式啟動了；而「團契的轉型」則於2003 年啟程，其特殊之處在於注入阿美族傳統文化中「年齡階級」裡長幼有序、相互提攜、互助合作的元素與精神。是年7 月，教會延攬「關懷牧師」宋美花Hana ’Oping）加入事奉的團隊；同時也設立起「愛鄰關懷中心」，期望擴大服務的領域。
2004 年，教會在歡慶「設教70 週年」之際，將原有的教會名稱變更為「馬太鞍教會」，象徵著身份的認同與使命的委身。2005 年，教會為了照顧高齡的會友們，成立了「老人日托關懷站」；同時教會的觸角也開始伸向校園，擔任「得勝者課程」的配搭。2006 年，為了培育新生代，教會增聘了三位全職的「青少年輔導」，開拓校園宣教的活動；並且也和機構聯結，開設「兒童課後陪讀班」，提供教會資源，關心弱勢兒童。
本會實施「多語言、多場次的禮拜」是在2007 年開始的，昔日以來一直是以雙語進行禮拜，之後上午的主日禮拜則分堂為阿美母語和華語；而「監獄事工」的參與也在今年正式的投入。「傳愛嘉年華 － 社區聖誕聯歡活動」則是2008 年最盛大的福音外展活動，近2000人次的人潮和日後的逐家訪視，正是原住民教會對斯土斯民「愛與認同」的大考驗。
