奇美教會，設立日期為1960 年1 月1 日。台灣基督長老教會有兩間奇美長老教會。原來奇美部落有兩大族群，一為阿美族，另一為布農族，所以教會分別有阿美族奇美長老教會和布農族奇美長老教會。
1959 年以前，奇美部落這個地方尚無基督信徒。由於上帝的安排，當年有來自光復馬太鞍社的一位青年入贅於奇美村，他就是徐福壽（Fasa’）先生。他未入贅之前，就已是基督徒了。而入贅之後，看見奇美村這個地方當時無一人信主，就連他的妻子的家人也尚未信主。那年9 月，他就開始以基督徒的身份作傳福音的工作。當時有一位受感動接受基督而信主的人叫陳東岳先生（Payo）。
可是徐福壽(Fasa’) 在奇美村阿美族人中間傳福音的工作剛開始並不順利，他受到村人的排斥、不諒解，於是他轉移往布農族人傳福音，當時也沒有人傳福音給布農族人，未料，Fasa’在布農族人中間的福音工作卻開花結果，信耶穌的人數日日增加，後來全村布農族人都信基督、接受耶穌成為他們的救主，成為基督徒。阿美族則是有呂天德及林加榮先生兩家歸信主耶穌。由於信耶穌的人數不斷的增加，於是就於1959 年建立了茅草與竹木建造的聯合( 阿美、布農) 禮拜堂。所以，早期奇美的基督徒是阿美族與布農族人一起聚會禮拜的。當時所使用的語言是日語，唱的詩歌也是日本詩歌。
聯合禮拜時間有兩年，由於生活語言上的不同，且因阿美族人信耶穌的人數增加了許多，1960 年，不同族群就各自建禮拜堂( 竹造)。阿美族奇美教會由Fasa’擔任首任長老，陳東岳擔任首任執事。早期的信徒有胡雲貴（Looh）、都文達（Kacaw Ngafar）、賴阿木（Do‘ec）、高吉本（Kakoyat）、林火生（‘Orad）、陳萬德（Sera）、蔡彩妹（Saysay）、蔡清妹（Koli）、林茂全（Pahaw）、柯日祥（Kacaw Tomon）、蔣國賢（Kacaw Sawmah）、鄭成功（Komod）、Kacaw Ipik、‘Orad Sampa。
當時，在東里教會牧會的漢人傳教師張雲錦牧師，經常前來奇美村，幫助奇美教會的建立和事工。那時，瑞穗至奇美部落的道路只是羊腸小道，張牧師都是徒步翻山涉水來奇美傳道。他這樣協助奇美教會，前後維持了10 年(1961-1971) 之久。
阿美族奇美教會分立後，在‘Orad Sampa的住屋聚會約有4-5 年之久。期間由玉里教會卓牧師為信徒施洗。信徒人數漸漸多了起來之後，住屋已不敷使用，就另覓土地建堂。有一熱心信徒田玉?提供土地，即教會現址。教會在此蓋了一間茅草屋教堂，由於茅草教堂經常受到颱風的侵害，且要經常翻修，於是大家開始募款建堂。當時，募款非常困難。信徒大部分沒有現金收入，年輕人也未曾離開部落到外地工作賺錢。信徒大多數是在家作農，於是會友把農產品，如稻米、花生、玉米等，奉獻給教會，教會再變賣農產品換得現金。就這樣，建堂基金點點滴滴累積起來，到了1978 年，教會募集了約80 萬的現金，就開始計畫興建鋼筋水泥教堂。教會請太巴塱教會吳清雲牧師負責設計建造，並有太巴塱教會會友前來支援。蔡松吉顧問當時擔任奇美村村長，也大力支持教會建堂。當時，瑞港公路尚未開通，很多建材，如鋼筋、紅磚、水泥等，都是從瑞穗訂購後，經由秀姑巒溪，順水運送到了奇美河邊，再由人工搬運至工地。整個禮拜堂的興建，從建材、砂石的搬運、水泥攪拌，一切都是用人工，完全沒有機器代勞，而且是教會全體會友總動員，每天大約有50 人次的人工。經過大家辛勤的勞動、努力，用了三個多月的時間，終於完成教堂建築，即今日的禮拜堂。奇美教會的建造，每一個過程，真可說是神蹟，實在美好！奇美教會真實經歷了上帝的同在和他奇妙的恩典。
奇美教會由於過去未保留完整資料，許多事未能詳細查考。歷任傳道人有張雲錦、邱文基、黃傳武、張富田、吳鐵晃、楊富男、楊玉蓮、李學盛、鍾美枝、王永誠，和現任傳道師拉爸斯‧ 伊木伊。
