自強教會座落自強國民住宅區，住宅於1980年開工起造，1981 年竣工啟用。此後陸續有來自奇美、下德武、瑞良、瑞祥、舞鶴、鶴岡等地之居民遷居於此。自強國民住宅區共有88 戶，從各地遷入的信徒，就有28 戶之多，已受洗者有40 名；慕道友60 名；青少年及兒童主日學共40 名。定居於此之信徒在週間不便再回到所屬教會參加聚會，因此定居於本住宅區的周玉妹姊妹，熱心的帶領蔣月娥、劉秀玉、張惠美等人，開始固定的家庭聚會、禱告會，每當禮拜天時，就召聚小朋友，並把自己的家當做主日學教室之用。
有鑒於下德武部落遷居來此之信徒居多，因此玉里區會下德武基督長老教會傳教師林茂德開始關心定居於此的信徒們；是年10 月起在本社區設一個生命小組，使信徒們的靈命繼續被餵養、成長。這樣延續了兩年。信徒之中也有不少是來自舞鶴聖教會的信徒，當時下德武教會傳教師林茂德為整合這些不同教派信徒，就於1981 年之聖誕節，聯合了舞鶴長老教會、舞鶴聖教會，及自強新村之信徒，並邀請下德武長老教會詩班，舉行聖誕培靈活動，地點訂定於舞鶴聖教會舉行，會中由楊富男宣道師司會、林茂德傳教師主理，與會的信徒達80 餘位。
1984 年11 月8 日光復區會傳教師月例會，通過議程，向中會提出設立佈道所方案，並於1985（民國74）年1 月在春季中會時接納提案，並於1985 年1 月25 日設立為「自強佈道所」，在中會的宣教事工上，加添了一個新的教會。當時設立佈道所感恩典禮，由張進財牧師主持，李學盛牧師和許伊度牧師勉勵，會中當眾宣佈本會由瑞良教會之牧師林茂松兼任並為本會之小會議長。
1991 年1 月，本會接納中會所派任之林茂松牧師為本教會第一任牧者，是年在林牧師的帶領之下，本會以50 萬元新台幣購置賴辛美姐妹之一棟二層透天國宅，作為教會禮拜堂之用，從此開創了教會另一個旅程碑。1993年10 月17 日，小會通過要增建與修建教會，1994 年6 月30 日完成教會內部增建、修建工程，並於是年10 月9 日舉行獻堂感恩禮拜。
1995 年1 月8 日，中會派中會書記潘清誠牧師，宣佈本會昇格為堂會。1997 年9 月14 日林茂松牧師任滿退休，並舉行感恩禮拜。
1998 年1 月25 日小會接納楊阿華傳道師為本會駐堂牧者，並舉行就任禮拜。2001 年11 月24 日，楊阿華傳道師按立牧師，成為本會第二任牧師至今。
