一九四八年初,由駱先春牧師開始傳福音,剛開始之時,用鴻史章弟兄自宅聚會,後來到一九五五年五月廿一日正式完成一所竹造禮拜堂,當時最初的長老是江成龍等人,執事是高金花,因信徒天天加增。因而長執計劃興建教堂。一九六0年一月十五日開始建造水泥磚的教堂。一九六三年初落成。起初的信徒戶數有二十三戶,信徒共有一二七人。一九六六年至一九六九年之間,沒有牧會者。因信徒的信仰沒有根基,受到家庭生活困難及得病,大部份的信徒離開教會,回原來的阿美族的迷信,失去了基督教的信仰,有一段時候石山教會信仰冷淡了。
一九六九年五月,中會派一位牧師兼任牧會石山教會。有五位熱心愛主的信徒和長老協助牧師訪問工作。把失望退步的教友一個一個的訪問、安慰、勸勉他們。一九七四年初,因上帝的靈感動和諸教會的代禱本教會有十八戶的基督徒回本會。有些決心奉身為主的教會服事,發揚上帝的公義和慈愛,計劃設立自養,自傳的教會,於一九七四年十一月十日設立了堂會。當時的阿美中會議長吳明義牧主理設立堂會典禮。一九八0年十月因台東空軍用地擴大,台東石山部落必須遷移,因此於一九八0年十二月廿六日石山教會教堂拆除,遷移新地興建教堂。現在石山教會的教友戶數少了四戶,因為有的信徒遷移別的地方,有的遷移台北。
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