三地門教會所在地，排灣族語稱Timur，清朝時期漢人北移稱為「山豬毛」。日治時期，1935年日本警察為集中管理，強迫將周圍的排灣族pinaqulja、katimuran、tiaravatcalj、salalau等4個部落遷移到今日的Timur，並規劃為棋盤街道聚落，當時屬高雄州屏東郡管轄，稱為「山地門」。

二次大戰後，1945年國民黨統治初期設高雄縣「三地門鄉」，1947年更名為「三地鄉」，1950年調整行政區域，將三地鄉改隸屬屏東縣，1992年8月才更名「三地門」。

Timur早期以祖靈崇拜、傳統祭典與儀式的傳統信仰為主，經歷日治、國民黨統治，傳統信仰在部落已逐漸瓦解。

1945至1946年間，屏東教會許有才牧師首次訪問本地，視察與瞭解原住民族生活形態、傳統文化作為日後福音宣教的參考，爾後，決定開始向三地村的宣教計畫。1945年底，Timur部落頭目歸順義在吳可免長老的陪同下，拜訪許有才牧師，討論「我們今後應該拜什麼神？」，開啟宣教契機。

1946年10月，推薦在三地國民學校任教的黃素娥姊妹，白天教書，夜間用日語與村民傳福音，一年後，1947年9月20日租用Pacekel（包銀珠）的住宅做為臨時聚會所，三地門教會的福音種子從此開始發芽。

1950年在屏東教會協助下，建造由竹子搭建的禮拜堂。爾後，鄭興輝弟兄獻上現址教會用地，並由屏東教會青年部獻上瓦片，結合信徒同心努力，一起建造由木材為骨架和瓦片為頂的教堂，並在1956年8月5日獻堂。

1962年，林泉茂牧師及全體信徒再建造二層鋼筋水泥樓房的禮拜堂，1964年8月5日竣工。

 隨著信徒人數不斷增長，1990年2月會員和會決議改建，拆除禮拜堂第二層重新擴建。1991年10月，陳安家教師主持動工禮拜，1993年1月獻堂。嶄新的教會建築空間增大，並結合排灣族傳統建築文化和石板屋等元素，融合福音與族群文化，這是三地門教會的特色。

 2007年舉行設教60週年慶典活動，7月27、28日舉辦球類暨民俗技藝競賽，在射箭、推力、負重接力等項目中，發揚部落傳統文化並實踐信仰精神。

2009年莫拉克風災重創南台灣，霧台、三地門等地受災嚴重，三地門教會全體會友動員參與救災和災後重建。

三地門教會響應排灣中會「南向宣教」與開拓都市原住民教會，成為排灣宣教盼望的記號。