1947年，南澳鄉第二任官派鄉長游清豐大弟游順清，徒步下山到大南澳購買家庭日常所需的鹽並探望大哥游清豐。正巧張承宗牧師及孫雅各牧師夫婦也到游清豐家拜訪，林萬福也在場，當時張承宗牧師和孫雅各牧師，就把主的福音傳給他們，他們聽到之後被神的話感動並接受主耶穌，將來立志要獻身成為神的僕人，將救主耶穌的福音，傳遍在部落與山林之間。張承宗牧師送給游清順一本日文聖經及一本三百多首的日文聖詩，游清順回到老武塔部落之後，首先開始向自己的家人及親友傳福音，並且開放自己的家庭成為禮拜的聚點，常常邀請他的弟弟游清義、宋牡丹、蔡玉葉、蔡玉妹、張胡露、Hayung Buta----等親友，到家中聽主的福音、讚美神，往後這些人都成為武塔長老教會的第一代會友。

當時在泰雅爾族人中，GaGa的觀念仍然有很大的影響力，所以堂時信主的蔡玉妹，經常被父親攔阻、鞭打，要她死心放棄基督教的信仰； 蔡玉葉也常被母親追打，而躲在樹上禱告讚美  神；游清順的家因為常常召聚眾人聚會，而經常遭到族人Yumin Kulang以石塊砸其房屋，因為這些信仰先輩們的信心堅定不移，奠定了武塔長老教會信仰的根基，與美好的見證。

1948年，由南澳教會五、六位信徒帶著張承宗牧師及孫雅各牧師夫婦，到老武塔部落一連三天的以手搖無聲影劇，放映耶穌的神蹟及聖經故事，這樣邊放映邊講述聖經的真理的方式，讓武榙村將近有一半的村民悔改信主，1948年4月1日有68位村民一起受洗，同時選出三位長老及三位執事，並且以茅草屋創設教會，成為禮拜的場所。1952年因國民政府部落全體遷村政策，使居住在老武塔的村民遷到現址。宋振傳長老受派負責本部落傳道8年，其中哈卡巴力斯的韋清山、魏發景、韋再香夫婦、及遷到大同鄉寒溪村的多位原是啥卡巴力斯的村民，都已在老部落藉由林萬福牧師的口中得到福音並決志信主。1961年左右遷居至武塔村，共同成為武塔長老教會的會友。王英世牧師受派關心宜蘭縣的泰雅爾族教會，經常和美國的宣教師（Kororong）一同前來佈道、傳福音，堅固信徒的心。還有那在原住民口中被稱為使徒保羅的花蓮太魯閣族人高添旺牧師，也經常來到武塔傳福音堅固會友的信仰，以致會友人數由十幾人劇增為150人，戶數約45戶。

1956年1月起，武塔長老教會就用石頭及水泥建築蓋新的禮拜堂，並於同年12月25日舉行獻堂，當時由游清順為第一任本教會傳道師。

1983年2月1日重新建堂，隔年1月7日以鋼筋水泥蓋的禮拜堂落成。2001年12月25日完成教育館。2004年教會持續不斷的參與與社區的宣教，如在南澳國中的『得勝者』生命課程、監獄詩歌佈道、與台灣世界展望會一起用愛守護兒童與學生；並增設視聽教室、媽媽成長班、課業輔導、青少年成長班、音樂教室等。