馬遠部落的居民原先是居住在南投集集區12莊，就是丹大山區Halvatan（海拔3,317公尺），被稱是Takivatan氏族，主後1933年（民國22年）日本昭和八年，被日本政府命令遷移至花蓮大富莊平原，由於當時長者視平原為不適宜、不安全之居住環境，堅持要居住在馬遠山區，不願意居住在日本人安排的大富莊平原，日本政府後來也不強迫他們，他們就在馬遠的山區定居下來了。
1945年二次戰後初期馬遠有四個部落：（1）limutu（2）haitubul（3）lilihk（4）nanalung這四個部落的位置都很分散。主後1949年7月4日胡文池牧師派卓溪鄉清水村許萬福先生到馬遠傳福音。馬遠村最早接受福音的是馬淑美（Salung Mangququ）、江木海夫婦。主後1950年胡文池牧師再派田光明、沈金標二人到馬遠村協助傳福音的工作，當時信主的人數增加到四十九人之多，但苦無聚會場所。因此村中信主者分別到玉里、清水、瑞良、鳳林等教會禮拜。主後1951年田本男、江清金赴玉里教會參加聖經講習會後，他們二人更加熱心的服事主，1月30日田本男弟兄將其住處提供為禮拜聚會的場所，並且共同選出教會的負責人。每週三、五晚間固定聚會，聚會由太魯閣紅葉教會牧者前來協助主禮。當年4月30日有十三位村民接受胡文池牧師的施洗，同年11月15日當胡文池牧師再次造訪馬遠村，參加聚會的人數約有三百人之多，可見馬遠居民對福音接受度是非常高的。之後田本男弟兄知道在瑞穗的奇美村也有不少的馬遠人在那裏居住，所以他就遷居瑞穗鄉奇美村傳福音，後來也設立了奇美教會，成為馬遠教會的第一個子會。
國民政府來台之後，由於馬遠村的村民都居住在山上的舊部落，交通不便。政府多次宣導村民遷移到交通方便之處，當時村民都很配合政府的宣導，教會也隨著村民遷到現址。當時教會也召開臨時會議決議要蓋茅草木板屋，很快就完工落成啟用，當時信徒已增至三百五十人之多，六年後（主後1954年）信徒增加到四百人。當年召開會議決定重新改建水泥平房式禮拜堂，由於眾人的熱心服事，禮拜堂很快的於同年的5月7日舉行獻堂典禮。
由於教會的信徒分散在三個部落：東光、大馬園、馬遠，且當時村中沒有交通工具，也沒有人有機車更別說是轎車了，以致於東光和大馬園的信徒要到馬遠教會禮拜，走路單程要花上近二個小時的路程。有人討論解決的方法，之後提出在東光蓋佈道所的建議，經過充份討論之後決議分設東光佈道所。東光佈道所於主後1965年建堂落成，成為馬遠教會的第二個子會。由於東光佈道所的設立，東光及大馬園兩個部落有些信徒也開始就近選擇在東光教會聚會，雖然馬遠教會因為分設了東光教會，信徒數從四百多名降到二百名左右。但是，大家反而對於教會的服事更加的熱心，更加的同心。
主後1950年4月8日~1964年江清金派任馬遠教會囑託宣道師，他以開拓的精神傳福音，培育信徒的靈命，三次遷移教會及建堂。而主後1965年花蓮區會派林秋水宣道師在馬遠教會服務一年，在其牧會的一年之中，他努力輔導信徒果樹栽植以增加信徒的收入，同時也鼓勵信徒研讀聖經和羅馬字。之後吳聰文宣道師派到馬遠教會一年，在其一年的牧會中強調詩班的訓練，並常舉辦教會活動引人歸主。主後1968年馬遠教會升格為堂會，並且首次聘牧田定義牧師擔任馬遠教會的第一任駐堂牧師，田定義牧師牧會期間，努力強化教會事工處理、美化教會環境、注重衛生、兒童教育。主後1975~1984年馬遠教會聘任林雲祥牧師為駐堂牧師，林牧師鼓勵信徒儲蓄，成立了儲蓄互助社、戒酒無名會等事工都很成功，並且推動禁食禱告、訓練教會幹部同工、設立托兒所、擴建教堂和辦公室，他是一位有才幹又非常盡忠職守的牧者，可惜英年早逝歸天家。當時教會突然無牧者牧會，主後1984年中會派顏乾坤傳道師為駐堂傳道師，一年後顏乾坤傳道師於馬遠教會封立為牧師。隨即馬遠教會亦聘顏乾坤牧師為馬遠教會的第五任牧師，顏牧師牧會期間除已經有的主日學、婦女會及青年會外，任內他成立了青少年團契、社會青年團契、弟兄會等，使教會各年齡層信徒的信仰都能夠被照顧到。訓練團契幹部，教會增加小組至今，每月第一個週六通宵禱告，不定期的文化講古，母語的強化，幹部訓練及聖經研究等事工。馬遠教會的目標：使福音繼續增長，維持到下世紀。
貳、地理環境
馬遠教會座落於花蓮縣萬榮鄉馬遠村，鄰鄉北有光復鄉、南有瑞穗鄉、東有海岸山脈、前村有富源社區。馬遠村是在西邊中央山脈的山腳下，居民全都是布農族丹大社群，萬榮鄉全鄉幾乎都是太魯閣族人，唯有馬遠村是布農族人。馬遠村居民約有一千二百名，有三百多戶的典型布農聚落，居民分散在東光、大馬園、馬遠，村內設有衛生室、國小（東光、大馬園的學區在瑞北國小）。宗教分二大教派，天主教有一間教堂，信徒約二百多人，基督長老教會有三間教會（馬遠母會、東光子會、大馬園孫會），全村長老教會信徒約有八百多人。感謝神，福音傳入部落至今有五十九年，明年邁入六十年，雖然遇到很多的問題，但在神奇妙的引領下，並透過先輩聖徒的熱心及牧者的輔導共同排除萬難，同心合一興旺福音使社區居民的生命有所改變。
參、歷任牧者
胡文池牧師負責訓練、栽培、差遣傳道人才。
許萬福先生 1949年 受派開拓傳道。
田光明先生 1949～1951年 受派協助負責卡卡郎區。
沈金標先生 1949～1951年 受派協助負責haitubul、limutu區。
江清金宣道師 1950～1964年 首派駐牧會工作，共15年。
林秋水宣道師 1965～1966年 派任教會工作，共2年。
吳聰文宣道師 1967年 派任教會工作，共1年。
田定義牧師 1968～1974年 受聘駐堂牧師第一、二任，共7年。
林雲祥牧師 1975～1984年 受聘駐堂牧師第三、四任，共9年3月。
顏乾坤牧師 1984～1985年 傳教師派任1年。
顏乾坤牧師 1985～至今 封牧及聘任駐堂牧師第五、六、七、八、
九、十任，共23年。
肆、歷任幹事
邱美香 1983~1987年 首聘教育幹事，共5年。（玉山神學院畢業）
余夢瑤 2006~2007年 教會行政幹事，共2年。（東華大學畢業）
