在卓溪部落的一處山谷中，豎立著白色兩層樓建築物，景色優美，建構雄偉，那就是卓溪教會。她之所以能夠在那裡屹立不搖，是因為她是 上帝的教會，上帝親自帶領祂的教會，使祂的子民雖然經歷許多的患難困苦，至今依然站立在神的家中。願將一切的榮耀，尊貴和讚美歸于至高者，我們的 上帝。能夠有今天，讓我們追溯主後1946年（民國35年）前的一個日子，有一位名叫陳子實（Laung）的青年人，被日本人徵召當兵，和美國人戰爭，後來他所屬的部隊被美國兵打敗，而被美國兵抓進俘擄營，在那裡他開始接觸基督教，認識一生中的救主。

日本投降以後，他們被釋放回家鄉，聽到玉里有聚會的地方，於是獨自一人到玉里教會參加聚會。回來以後熱心起來，於是第二次他邀請並帶領高新輀（Kimat）、高秀雲（Niun）夫婦，以及長女高月嬌（Savi）、高來進（Kimat）、高金蘭（Savi）夫婦以及高溪河（Kimat）、林友妹（Niun）夫婦等，到玉里教會參加禮拜。

後來相繼有林阿福（Tiang）、林新妹（Savi）、林錦妹（Uli）、林松元（Qaisul）、高秋亮（Qaisul）、高愛妹（Ali）、高秋吉（Kimat）、Ali Tiang、Savi、高花妹（Tuhua）、高朝金（Qaisul）、高朝宗（Kimat）、高獻庭（Kimat）、高獻修（Hangaz）、高朝勇（Sauli）、Hamul、馬文達（Sipal）、馬聰明（Tiang）、馬聰敏（Adal）、林家乾（Tiang）、林蓉妹（Tana）、林秋凱（Laung）、高鳳美（Savi）、林秋水（Laung）、林正妹（Niun）、黃元信（Aziman）、黃香妹（Ibu）、黃婁雲（Laung）、Tana Subali夫婦、Buaz Ibu夫婦、余阿妹（Makav）、余萬木（Laung）、余萬成（Muuz）、高天德（Qaisul）、高佰霞（Abus）、高宗榮（Qaisul）、高秀英（Akuan）、Laung Lagui夫婦、張福妹（Aping）、張素妹（Savi）、Akat Uli夫婦、張德和（Dusqav）、張燈德（Lumav）等。這些人是陸陸續續從主後1946～1948年（民國35～37年）間到玉里教會禮拜，上帝的福音就這樣透過陳子實弟兄，像聖經中約一46下半節，腓力邀請拿但業見耶穌一樣，說：「你來看吧！」使這麼多的弟兄姐妹看見了，真是感謝主的恩典，信的人加增。他們為了因應當時的需求，便開始建造教會，卓溪教會就這樣產生了。

（一）第一次建堂：主後1948年（民國37年），在靠近河邊搭建木造茅草屋，到主後1949年（民國38年）因一場大風雨，被大水沖毀，改在一棵叫Lislis的大樹下聚會，有時借用Ali Tiang的家為聚會所。

（二）第二次建堂：主後1952年（民國41年）購買木造茅草屋，然後修建加長，成為第二次修建的禮拜堂，然而因使用年限已久，安全結構堪慮，於是計劃重建新堂。

（三）第三次建堂：主後1968年（民國57年）開始興建，主後1969年（民國58年）8月1日完工獻堂，建材以水泥磚瓦建造，結構堅固安全，但不幸因莎拉颱風來襲，教會被土石流淹埋，幾乎滅頂，雖經弟兄姐妹努力搶救，但已面目全非，不堪使用，至此就開始借用高獻庭老執事的家聚會。

（四）第四次建堂：經過兩年之後，弟兄姐妹共同感受建堂的需要，以為禮拜、宣教之場所，於是於主後1994年（民國83年）動土興建，主後1995年（民國84年）12月16日完工獻堂啟用。

1.   民國39-40年    馬聰敏 傳道師           2.   民國40-42年   林秋水 傳道師

3.   民國43年        田榮順 傳道師         4.   民國44-45年    吳聰文 傳道師

5.   民國46年         田榮順 傳道師           6.   民國47-48年   田貴興 傳道師

7.   民國49年        林秋水 傳道師           8.   民國50-52年   田榮順 傳道師

9.   民國53-54年   黃金生 囑託傳道師     10.  民國57-59年   林秋水 傳道師

11.  民國60-62年   馬聰敏 牧師              12.  民國63-71年   田定義 傳道師

13.  民國72-75年     林明武 牧師           14.  民國76-82年   田東波 牧師

15.  民國83-84年     朱梅珠 傳道師         16.  民國84-95年   高信榮 牧師

17.  民國96年至今   蘇畢娜 傳道師

長老：高昌妹、高忠義、高朝宗、田秀蘭、余萬成、黃岳貴

執事：胡鳳娘、蕭炳文、林金英、王玉英、王基郁、高來發、張敏英、全淑娟

婦女會：會長－胡鳳娘   

松年團契：會長－林錦妹 

壯年團契：會長－高忠義 

青年團契：會長－黃香琴   

主日學：校長－高昌妹   

籍在陪餐會員：109人

籍不在陪餐會員：27人

未陪餐會員：12人

慕道友：5人

（一）發展兒童與青少年信仰教育與母語教育事工

（二）鼓勵信徒參加週間各項聚會

（三）由幹部率領落實探訪工作，建立合一相愛的教會團契

（四）成立教會青壯年聯合詩班

（五）推動社區教育工作，與社區互助共融