日本統治時代，台灣總督府禁止日本的神道信仰以外的宗教進入部落，企圖以日本的語言、文化、宗教同化原住民。儘管禁令存在，福音的種子仍撒播到原住民族的部落裡來。以下兩則記錄顯示，日本統治時代我們普悠瑪部落宣教種子播下的情況。
就目前所知，部落裡最早接受福音的長輩，應該是Dalisen老人家了，據傳說Dalisen是在都蘭國小服務時認識信仰基督的日籍老師並接受福音，在那位老師的鼓勵下赴日就讀「聖書學院」。至於Dalisen何時赴日，何時歸來的時間，我們並不清楚，但是由日文資料《中田重治傳》（1959:431）及「kiyome no友」(潔淨之友)1275號（昭和六年1931）中的記載來看，Dalisen在1931年，在日本聖書學院學習，並在那一年的7到9月，被派回故鄉進行實習傳教。
Dalisen之後，來到普悠瑪部落宣教的是加拿大「聖公會」的自給宣教士，名叫葉資牧師（Narcissus Peter Yates，1862~1938）。他於1928年來台，當時年紀已有67歲了，他為了在台灣傳福音，先在日本郵局工作，學習台灣的語言，然後在1934年到阿美族、卑南族的部落與原住民族共同生活並傳福音。 卑南族部落他到過利嘉與南王。按照文獻來看，第一代接受福音啟蒙的前輩們，包括了林光雄、鄭開宗(Dingsai 1904-1972) 、陳松林、楊博宗、陳振宗（1892-1951） 、洪憲治(後成為牧師)、馬智禮(漢入贅成為初鹿部落頭目、228事件和平使者)及Dalisen等人，其中有陳振宗及Dalisen兩位受洗成為基督徒。不過，我們相信Dalisen有可能早在赴日就讀「聖書學院」時就可能已先受洗了，以時間推算葉資牧師和Dalisen應該曾經在台東相遇過，並可能共同一起傳揚過福音。Yates牧師領導的教會雖然以美妙的詩歌來吸引民眾，也藉著聖經的道理勸勉族人廢除偶像的行徑，但成效似乎不彰。探究當時福音未見具體果效的原因，大概可以歸納如下：
彪馬族（Pinuyumayan）與漢人接觸、通婚者頗多，因漢化較早，所以祭拜神明、祖先崇拜的觀念很深；又由於我們普悠瑪的前輩Pinadray曾受過清朝乾隆皇帝的封賞，所以，被民間傳說為「卑南王」，使族人深具民族優越感，對於新來的基督教文化極度排斥；有些慕道友認為廢除偶像是「背祖叛宗」大逆不道的行為，深怕廢除祖先牌位以後，祖靈不僅不再保佑子孫，而且會影響家庭平安，因此拒絕廢除偶像崇拜的風俗。所以，日本統治時期，當Dalisen與Yates牧師因病相繼蒙主恩召離世歸天時 ，本村的宣教事工也就停頓了。但是，戰後，福音又在部落裡響起。
1947年12月12日，駱先春牧師（1905~1984） 抵達台東的翌日，與台東教會陳瑞山牧師來到我們南王，並前往檳榔、初鹿等村莊展開了傳福音的工作。南王(支)教會於1948年12月11日創立 。1953年3月7日南王部落終於有了固定的聚會禮拜場所，許阿順夫婦因相信基督而歸主，更提供他們家的客廳做為大家禮拜的場所。南王教會可以說是卑南族中最早接受福音的教會。
1956年間，因教友人數快速增長，眾人商議共同以竹材茅屋建造禮拜堂。豈料，1965年的黛納颱風橫掃肆虐，將竹造茅屋禮拜堂吹得幾近全毀。因此，教會又積極發起第二次的建堂計畫，尋覓建地及籌措建堂基金歷經了半年，才在吳榮華長老奉獻的祖傳土地上重建禮拜堂，並且在「基督長老教會」與「基督教芥菜種會」的經費補助款下，順利於1966年2月完成了以鋼筋水泥建造的新堂，這個禮拜堂一直延用到現在。之後，教會隨即開辦托兒所，以兒童主日學方式培育教會的新生代，也藉此落實、連結與部落/社區的關懷與服務。
1971年，教會創立儲蓄互助社，倡導節約儲蓄與互助合作的美德，幫助族人養成正確的理財觀念。本項工作一直持續到1985年4月1日，後因自身經營困難，所以將業務移併給現今依舊在營運的「南王儲蓄互助社」。1982年3月，本教會奉准升格為「堂會」，同時正式敦聘由本教會出身的吳賢明牧師(吳榮華長老之子)為本教會首任駐堂牧師，使「南王」教會(現稱普悠瑪教會) 成為「卑南區會」第一所的自治堂會。
1987年3月1日經過信徒大會一致通過，續聘吳賢明牧師為本教會第二任駐堂牧師，並聘為無任期駐堂牧師直至盡程退休。1992年6月10日，完成向陳淑女老師購買教會土地的買賣契約，土地價款為新台幣98萬元，面積115平方公尺。1993年4月28日完成教會土地的合併分割事宜，新地號為1025-17號，面積為150平方公尺，約45坪。教會土地原來面積為115平方公尺（原地號為1025-5），吳榮華長老再贈送35平方公尺的土地給教會，使教會土地面積增至為現在的150平方公尺。
1996年8月初，將原來於1986年9月所興建的教會圖書室拆除，於原地興建較為寬大的圖書室，這項修建工程於1997年1月25日完成，總工程費包括土木、鐵工、水電、鋁門窗及裝潢等，共花費新台幣920,446元。圖書室興建完成之後，因為禮拜堂漏雨相當嚴重，因此決定暫時在新建的圖書室裡舉行主日禮拜，並開始進行禮拜堂的翻修工程（將瓦屋頂改為鐵皮屋頂）。然而工程完成之後，禮拜活動並沒有遷回原來的禮拜堂，反而繼續留在新建的圖書室舉行主日禮拜，後來經長執會決定，將圖書室與禮拜堂交換使用，遂於同年之4月27日舉行新禮拜堂的啟用獻堂感恩禮拜。
2003年1月20日，完成廚房的興建工程，我們有了正式的廚房，方便預備主日學學生的早餐及教會愛餐時的料理工作。同年8月29日，由台北「芙蓉扶輪社」贈送本教會一輛社區服務車，由此展開了教會對社區關懷服務的工作。
2004年3月，駐堂牧師吳賢明牧師因身體不適，遲遲未見改善而就醫，卻赫然發現罹患了肝癌末期。當月底，吳牧師即開始接受一連串的治療，然而病情在短短不到六個月的時間中產生了急遽的變化，即便病重如此，病榻上的吳牧師仍掛心於教會諸事工，甚至還向醫院請假，堅持要回來主持新任長執的就任及聖餐典禮。很遺憾，吳賢明牧師於2004年8月7日下午3:03分，蒙主恩召。
吳賢明牧師病世後普悠瑪教會經歷了一段無駐堂牧師牧養的歲月，但教會仍蒙神的親自帶領，在這段時間中，長執同工們更是同心合一、分工執行接下教會聖工的服事。我們感謝，當時曾經協助教會的功臣，包括：溫提安牧師與陸靜芝傳道師夫婦，在知悉教會亟需牧者的情況下，離開了在宜蘭神愛之家機構十多年的工作，無怨無悔奉獻4年時間（2004~2008）予以協助教會的服事。2006年，遠在澳洲的盧傳明牧師夫婦，於來台的兩個半月期間，給予本教會實質的幫助。同年9月，甫從美國回台的張晃家牧師，多次負責主日禮拜講道服事，堅固信徒靈命，留下美好的信仰榜樣。
另外， 2007年區會會議決議委派「台灣神學院」教務長曾宗盛牧師(Isin牧師)為本會小會議長、同時台神教職員馬約翰牧師亦於公餘時間，協助且堅固眾弟兄姐妹靈命的塑造與更新。
2009年8月1日教會接納由「玉山神學院」道學碩士班應屆畢業生陳信雄為本堂傳道師，帶領教會邁向一個新的宣教領域，其任職止於2010年7月30日結束。2011年，教會邀請已定居在美國的陸靜芝傳道師為普悠瑪教會囑托傳道師，8月1日服事至2012年6月30日止。2013年8月1日，區會分派「台灣神學院」道學碩士班應屆畢業生倪鳳萍為本堂傳道師，其任期至2015年7月31日止。2015年8月1 日，區會分派由本堂出身，「玉山神學院」道學碩士應屆畢業生田綠蘋為本堂傳道師，服事至今。
感謝神一路的保守、看顧及供應，雖然普悠瑪教會是一個迷你型的教會，但它卻是充滿溫馨、健康、有生命、活力的教會。普悠瑪教會能發展至今，乃是承續了早期先驅者宣教師、傳教士們的犧牲、奉獻及無私的全人付出果效。我們感恩上帝過去的恩典與帶領、更紀念在Pinuyumayan這塊土地上默默耕耘的先輩們為福音所做的努力，他們包括：黃吉雄宣道師、曾旭霖宣道師、洪憲治牧師、余榮華牧師、田賢明宣道師，以及為主奔命在普悠瑪教會擺上28年歲月的吳賢明牧師等人，因為有先輩留下美好信仰的蹤跡，使我們今天能領受到福音的豐盛恩澤。
普悠瑪教會在慶祝設教70週年的重要記念日裡，我們除了感恩過去神的恩典引領，更應該承續前人所留下美好信仰典範，全教會同心合一、展望未來，讓復興的靈火點然普悠瑪教會。在邁入2019年領受神的新恩典時，能以「相愛連結肢體．生命見證基督」的宣教、服事精神，踏上另一個新的里程碑。
