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台灣北部教會的神學教育可追溯到主後一八七二年當偕叡理（通稱：馬偕）博士（George Leslie Mackay, D.D.）來到淡水傳教。最初的十年間，偕叡理博士像主耶穌一樣，一面巡迴佈道，一面教導學生，以路邊、榕樹下、溪旁、海濱、客棧、民家，或地方的禮堂作為教室，可稱「逍遙學院」（Peripatetic College）或「巡迴學院」（Itinerant College）。這時期的學生有嚴清華、吳寬裕、林孽、王長水、陳榮輝、陳雲騰、陳能、蔡生、蕭大醇、蕭田、連和、陳存心、陳萍、洪胡、李嗣、姚陽、陳九、李炎、李恭、劉和、劉朮。
主後一八八一年馬偕博士第一次返加拿大故鄉烏德克渡假，藉當地報紙呼籲為淡水籌建一所固定的校舍，得到他鄉親們的贊同支助。一八八一年末馬偕博士回台，立即在淡水砲台埔開始這所台灣北部最早的神學院籌建工作。校舍於翌年（一八八二年）六月竣工，為紀念加拿大安大略省（Ontario）牛津郡（Oxford）民奉獻建校之美意，故命名「牛津學院」（Oxford College）以作紀念。
主後一八九三年至一八九五年，學院因馬偕博士生病告假而停課三年，於一八九六年又恢復上課。馬偕博士於一九○一年六月二日蒙主恩召。此後，學院由吳威廉牧師（Rev. William Gauld）繼任院長之職，並致力於神學教育水準的提高和創立中會健全的教會行政體系。
主後一九○七年至一九一六年由約美旦牧師（Rev. Milton Jack）主持校政，確立學年制度，並於一九一四年春天將院舍遷至台北雙連的臨時校舍，以等候「台北神學校」新舍之落成。一九一二年五月台灣大會開始討論南北兩神學院合併的問題，並於一九一五年第四回會議時，票決通過台北為南北聯合神學校校址，但此議決遭當時台南神學校校長巴克禮牧師之反對，結果無法實現。
主後一九二五年四月，北部教會依照台灣大會南北兩神學校合併之實施步驟，停辦台北神學校（以二年為期），由校長劉忠堅牧師率領十一名神學生前往台南神學校就讀。北部教會決定採取這行動是因為一九一四年第三回大會曾決議「暫時二年受業於北部，二年受業於南部」，根據這決議期望南部神學校於二年後也如台北神學校一樣，能率領學生來北部就學，而終使神學校合併為一體。然而一九二六年北部教會將這意思照會南部時，南部教會議定希望將校址設在中部，又同年四月第十三次大會也議定變更「聯合神學校」之校址在台中，推翻十年前第四次大會之決定。因此北部教會視「聯合神學校」的成立無望，大川正教授於十九二七年六月十五日奉命率北部學生回淡水龍目井舊「偕醫館」復校，由明有德（Rev. Hugh MacMillan）任校長。一九三一年四月又遷往砲台埔「牛津學院」舊址，並由孫雅各牧師（Rev. James Dickson）任校長。
主後一九三七年十二月學校再度遷回雙連原校舍，一九四○年中日戰爭期間，大川正教授接任院長，南部教士會決定關閉台南神學校，因此南北兩所神學院終於在太平洋戰爭前夕合併為聯合神學校。同年九月九日南神十五名學生，由黃主義教授率領北上在台北神學校就讀。一九四四年學校被日軍徵用，學生被迫參加「學徒勤勞奉仕」，翌年（即美軍在沖繩島作戰時）台北神學校宣告停課。
後一九四五年八月十五日中什日本宣佈無條件投降，結束了第二次世界大戰。台北神學校隨即計劃復校，並向有關當局申請收回被徵用的校舍，同年十月初收復原校舍並改稱為「台灣神學院」。本以為這次的更名即可成為台灣基督長老教會的聯合神學院，結果事與願違，南部大會於十九四八年四月召回任教於台灣的滿雄才牧師及南部學生返回台南。
從此以後，「台灣神學院」由孫雅各牧師任院長，致力於學院的建設和提高學生的素質以及學位的授與。台灣在戰後，福音事工方興未艾，教會快速增長，急需傳教人材，座落雙連的舊校舍及設備已逐漸不敷使用。十九五四年第七屆大會遂授權神學院董事會將舊址校舍出售給台灣水泥公司，而購買陽明山嶺頭約一萬八千多坪土地為新校址，破土興建校舍並廣植樹木花草。一九五六年九月廿一日本館（吳威廉紀念館）及男生宿舍落成，神學院遂從雙連遷移到嶺頭現址開始上課，並於翌年增設基督教教育系，隨後教會音樂系，及開辦夜間神學講座（一九八○年停辦，新設夜間部），致力為教會培育福音戰士，造就教育、音樂人材以仕奉上帝服務人群直到今日。
這些年來，學院教育事工繼續擴大，增設宗教與哲學系（一九八一年，八九年後停辦），教會與社會系（一九八九年開辦），牧範學博士班（一九八九年開辦）。在牧者在職進修方面，與馬偕紀念醫院的建教合作關係而成立了馬偕紀念講座（一九八九年開辦），與雙連教會的建教合作關係而有了雙連講座（一九九一年開辦），在平信徒的神學訓練方面也有信徒神學系的設立（一九八四年開辦）以及與台北和七星兩中會合辦的信徒教育事工班（一九八八年開始）等。這些事工的推行皆致力於培育教會的傳道人才，提供牧者在職進修的機會，提昇平信徒的神學素質，以有效地事奉上帝服務人群。
幾近百年來，台灣神學院雖然飽嘗風霜，歷盡滄桑，如今又面臨新時代的挑戰，卻顯得更加得力前往直進。蒙上帝宏恩，祝福與帶領，在歷任院長的努力經營下，台灣神學院已是一所設備完善、環境幽美、課程充實、勇往向前的神學教育最高學府。今後它將更加裝備自己，以開放的心懷注視著發生在週遭的事實與教會的心聲，持守創設者馬偕博士「焚而不燬」之崇高精神，盡心、盡性、盡意、盡力事奉上帝的教會，以期完成受託的使命。
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