1872年3月9日加拿大長老會宣教師馬偕登陸滬尾（今新北市淡水區）。

1882年7月，馬偕在滬尾設立一所神學院「理學堂大書院」（Oxford CoIIege），後世以「牛津學堂」著稱，為台灣神學院、真理大學的前身。

1901年馬偕博士逝世後，牛津學堂改為神學校（即後來的台灣神學院）。1911年年底，馬偕博士的長子偕叡廉取得教育碩士學位後，返台籌辦一所中學校；同年，教會將宣教中心移到首府台北，並將神學校遷往該地，遺留下來的牛津學堂舊址即成為新學校的預定地。

1914年3月9日，台灣總督府核發設校許可，該日期恰好與馬偕博士42年前登陸淡水的日期相同，也成為日後的校慶紀念日。同年4月4日，淡水中學校（Tamsui Middle School）在牛津學堂舉行開學典禮，當時的總督府學務課課長、淡水支廳廳長等政府官員皆來參加。創立之時即為五年制中學校，首任校長為偕叡廉。

1922年2月，台灣總督府重新頒行《台灣教育令》，限制私立學校不得再使用「學校」之名稱。同年10月，校名改為「私立淡水中學」。1925午6月，遷校至現址的新校舍，牛津學堂改作為學生宿舍至1931年止。自此，新校舍的「八角塔」成了學校的的精神象徵。同時，馬偕博士遺孀張聰明女士將家族擁有的五千餘坪土地捐出作為運動場，即今之橄欖球場。

1936年起，台灣總督府接管校務。1937年，台灣總督府修改教育法令，認可私立中學之創設，校名因而改為「私立淡水中學校」。同年，依照讓渡協議之約定，開始興建「馬偕博士紀念圖書館」。

1947年，二二八事件爆發，在受難的教育人員中，延平學院（現為臺北市私立延平高級中學）及淡江中學所屬受難教師、行政人員及學生人數最多。

1958年，淡江中學與純德女中合併，改稱為「私立淡江高級中學」。

1968年起，淡江中學校友橄欖球俱樂部，以及被籲為「台灣橄欖球之父」前校長陳清忠（1895年5月14日－1960年4月6日）之好友為紀念他對橄欖球之貢獻，於每年春天會舉辦清忠盃橄欖球錦標賽

1994年，招收美術班和音樂班。

1996年，正式辦理綜合高中學制，除了普通科（社會組、自然組），並設立應用外語（英語、日語）、商業經營、資訊應用、幼兒保育和美工等專門學程。

2008年，附設國民小學部，即純德小學正式招生。

2012年，舉辦馬偕來台140週年紀念活動。

2015年，慶祝台灣基督長老教會宣教150週年，3月8、28日，舉辦第二屆「馬偕盃」校園寫生比賽與鋼琴比賽。3月14日舉行創校143週年暨建校101週年校慶感恩禮拜暨園遊會活動。

◆淡江高中校史詳見：http://dns2.tksh.ntpc.edu.tw/history/history.htm