台北東門教會故葉金木牧師，鑒於三張犁地區社區發展迅速，實有開設教會之必要，遂以陳錫新先生及李達莊先生等家為基本會友，於一九五九年三月廿九日復活節在臨江街租屋開始通化教會的第一次聚會。同年四月十二日由台北中會主持舉行開設典禮。開設當初聘請台灣神學院學生前來協助教會聖工。同年八月間，中會派郭鴻輝先生為駐會專任傳道師。同年十月間，與光復佈道所合併，遷移會所到李達莊先生寓所，同時改名為「三張犁教會」。

一九六一年八月郭傳道離任，李芳雄宣道師接任。一九六二年第十一屆七星中會春季議會時，與東門﹑和平等教會同時歸屬七星中會。同年八月李芳雄宣道師離任，吳天寶傳道師接任。吳傳道為教會之發展計，遷會所至文昌街（舊信義路接近通化街），並改名為「大安教會」，同時選舉長老﹑執事成立長執會。吳傳道牧養工作不遺餘力，因此聚會人數漸多，至一九六四年間再遷會所二次。 一九六五年十月購買通化街三十九巷五號之禮拜堂，並補選長執加強長執會陣容，同年十二月廿五日舉行昇格堂會、獻堂暨吳天寶教師封立牧師並就任第一任牧師典禮。 

一九六九年二月吳天寶牧師請假隻身前往巴西開拓傳道。同年八月正式離任，全家遷居巴西，同年十一月二日聘陳儀明牧師為第二任牧師。 一九七一年七月七日在仁愛路四段四號開設「仁愛佈道所」，以盡福音傳遍四方之責任。仁愛教會於一九七二年七月七日升格堂會。

一九七二年十一月陳儀明牧師任期屆滿，前往永吉教會牧會，遂請梁敏夫牧師前來接任。 一九七三年七月八日梁敏夫教師封立牧師，兼任本堂牧師。復為關心信徒的實際生活，一九七四年十一月十七日本堂成立儲蓄互助社，係七星中會及台北地區的第一個互助社。

一九七六年八月一日梁敏夫牧師辭任，由中會傳道部派羅聯昇傳道師前來接任。

一九七七年十月廿五日舉行羅聯昇教師封立牧師暨就任本會第三任牧師典禮。當年十二月在通化街一八六巷八號（通化公園邊）購得七層怡安大廈之底樓及地下室為第二個會所。

一九八六年底再購得現址之四維路二二八巷十五號房地。於一九八九年六月慶祝設教30週年時遷入。