古亭基督長老教會設立於一九五八年六月廿二日，係由台北中會議長葉金木牧師主持宣佈創立，直屬中會，會所設於台北市龍泉街八六巷卅四號，簡陋的小平房。當時係由林川傳道師、呂伯融、鄭路得、石如玉等熱心兄姐同心合意禱告。奔走、籌設，克服種種困難，並獲得台北中會議長葉金木、書記黃六點，傳道部長吳天命三位牧師親臨會勘，准予設立。

一九六二年四月廿三日，因為教會行政區域重劃，古亭教會改屬七星中會，並昇格為堂會。

一九六九年五月，廖恩加牧師自日返國到古亭教會一同服事上帝。當時適逢電視報導台北最大與最小的教會，古亭赫然敬陪末座，卅位會友認為有辱上帝之名，毅然於七月一日起另租羅斯福路三段84巷2弄4號，並成立建置教堂委員會，遂得於一九七○年一月購買羅斯福路三段153號之2為教會新址，二月十五日並由周神宗牧師主持獻堂暨首任牧師廖恩加之就職典禮。至此古亭教會始有固定的傳道人，教勢發展亦蒙上帝祝福，會友陸續增長。一九七六年五月復加購同棟公寓三樓為主日學教室及牧師館；不久因聚會人數約達一百人，禮拜堂不敷使用，乃於一九八六年訂購羅斯福路三段149號十二樓全層（現址），並於一九八八年四月三日復活節舉行新禮拜堂啟用典禮。

廖恩加牧師在古亭教會服務卅年，於一九九九年六月底年屆七十歲盡程光榮退休，中會派義光教會許承道牧師兼任議長，並於八月一日起曾昭瑞傳道師來會服務兩年。兩年來許、曾二位傳道人和全體會友同心努力，開設華語禮拜，並在詩班、團契各種事工熱心服事主日禮拜平均出席已達一○○人。二○○一年九月二日吳克勳牧師就任第二任牧師，七星中會議長周約翰牧師親自主持典禮，出席約三○○人，盛況空前，主恩滿溢，感謝主。

二○一一 年三月陳思豪牧師就任，二○一三年八月許雅婷傳道師受派來到古亭教會，持續推動事工。