本會於1876年3月21日由偕叡理牧師開拓設立，至今115年。開拓之初，本會僅以一間小木屋做為佈道所，設於蕃仔厝（現十信商工職校西北側）旁的蕃仔溝邊，繼偕叡理牧師之後，有鼎秋傳道在此牧會，當時信徒僅有七人，1912年本會獲陳近兄弟（陳芳本牧師令尊）捐獻北投中心區段地196坪(即現建堂基地，位於中央南路一段77號)，同年6月完成建堂，信徒十餘名。

　　1918年3月13日本會成為雙連教會支會，並由林清潔傳道來此牧會。1946年本會出身之番水土牧師與部份合徒另行設立教會聚會。同年6月月，中會傳道部派林再添傳道前來牧會，此時信徒約有卅餘人，1949年9月18日，本會昇格為自治堂會，辦理林再添傳道封牧並聘為本會第一任牧師。

　　1968年林再添牧師蒙召歸天，1969年9月本會聘請康知禮牧師為本會第二任牧師，此時有部份信徒離開本會自行成立教會(今錫安教會)。1973年，本會又有數長執與卅?名信徒在新北投設立今新北投教會。1979年因禮拜堂年久失修，為求安全，遂於附近新市街廿二號6樓購買兩間辦公大樓做為禮拜場所，並開始籌備建堂事宜。

　　1986年6月為籌集建堂基金，將新市街大樓房舍七出售，暫租清江路66號二樓為禮拜堂，1988年2月本擬不續聘康知禮牧師，不料康牧師與少數信徒竟私自將禮拜堂內財物搬入建堂基地，並強佔該地，致建堂事宜受阻，同年5月，本會會員大會通過不續聘康知禮牧師。1989年中會派許得賜教師來本會牧師，1990年11月11日台北中會辦理呂秉衡教師封牧並就任本會第三任牧師。1991年5月本會因使用上的需要，又將禮拜堂遷至清江路83號，並拓展成人主日學，社區教室等多項事工。