1990年，新竹中會客宣部青年福音隊，在「竹東教會」接受為期一年的三福訓練，每個月集訓一次，以期進行客家地區福音事工。受訓期間，福音隊員經常看見在竹東二重埔社區中，晚上時間許多居民常會聚集觀看賣膏藥擺地攤。同工們受到感動，心中的異象是：如果這些居民是來看一場佈道會，那該有多好？而且當時二重埔地區並未設立任何教會，是一個很理想的福音開拓地點。

1990年12月，在這群受訓的青年福音隊同工們建議下，便開始積極以二重埔社區為定點，設定「向客家族群開拓福音事工」為訓練目標。1991年2月，首先以竹東鎮二重埔明星路251巷36號(為原陳天償牧師的住家)，設立了第一個為據點-「青蘋果教室」，開始推動社區主日學事工，由幾位青年福音隊同工共同負責。同時，也向新竹聖經學院與信義神學院申請神學生（後來均成為隊員）協助執行此項事工。主要內容包含：每個主日下午對社區小朋友舉行野外主日學課程，並進行家庭探訪，同時，進行信仰普查及個人談道，並且不定期的邀請客家聖樂團前來協助詩歌佈道，期能將福音的種子，遍撒在社區居民心田。如此在二重埔地區進行福音鬆土工作，約有兩年的時間。在此期間，有多位客家教會牧者前來指導與協助。在持續的探訪過程中，社區中有部份家庭對福音頗有渴慕之心，福音隊員經過檢討後，一致盼望能有教會接手此事工，以期繼續福音開拓事工。

在聖靈的感動下，「新竹教會」牧長們經了解與討論確認，二重埔地區具有臨近新竹科學園區與工業技術研究院的科技環境，外來人口逐漸增加且日趨繁榮，又是居新竹市進入客家社區的門戶位置，尚無教會在此地設立，應是學習對客家宣教的好時機。因此，接納福音隊員的建議，於1993年3月，開始召集相關牧長同工，積極籌設推動此事工，並且著手向總會傳道委員會申請差派傳道、租借房子等，作為開拓設立教會推動福音事工的基礎。1993年6月28日，新竹教會決定承接開拓教會的使命，接手設立佈道所事工。隨之將所欲設立的佈道所命名為「二重埔教會」，並成為二重埔教會之「母會」。同時，邀請客宣青年福音隊繼續支援與協助。

1993年7月1日，租借竹東鎮學府路26巷8號(臨近二重國中之學府路小巷內的二層樓房)為開設會址。1993年8月1日，新竹中會差派甫從台南神學院畢業的王福祥傳道師到任。新竹教會小會正式成立「開拓小組」，同時提撥開辦費新台幣18萬及經常費每月5萬元作為輔助，協助二重埔佈道所的事工經常費。1993年9月5日下午3點，於開設會址舉行開設禮拜。當時由於成人會籍人數只有受派服事的王福祥傳道師之家庭，意即在二重埔教會設立的時候，會友人數是從「零」開始的。

為落實二重埔教會的長期發展，1994年3月3日，新竹教會母會小會議決，將「開拓小組」更名為「發展小組」；同時，差派駐堂長老實際前來參與佈道所的開拓規劃與推動執行。不過，約經一年的推展，佈道所會友、主日學等人數，未見明顯增加。因此，發展小組決議更換教會地點。感謝上帝的帶領，1994年11月1 日，在二重埔中心位置附近租得竹東鎮二重埔中央路49號1~2Ｆ之新會址。同工們重新整隊出發，接受新的訓練。因著聖靈帶領，恩典滿滿、見證滿滿的伴隨著二重埔教會，參與此開拓事工的所有長執同工，獲得難以忘懷的學習歷程。許多來自各地各教派在新竹工作的主內兄姐們，學習共同事奉、同心分擔客家宣教事工。因著如此美善的同心服事，於1997 ~1998年間，逐漸轉入成為二重埔教會的成人會員，會籍人數突然增長為30多位。

1997年間，同工們領受了共同的異象「將福音釘根社區」。當時只有卅幾位會友，在母會的協助，更在上帝奇妙大能作為下，購買了二重埔社區主幹道路(中興路)旁的120坪建地。2001年七月8日，完成了新禮拜堂(新竹縣竹東鎮中興路二段335號)的「啟用禮拜」。同年的八月26日在新聖殿舉行母會派駐二重埔教會之傳道牧師-張德謙牧師的授職與獻堂感恩禮拜。

2002年元月13日，本會舉行申格堂會之首任長執與同工就任禮拜，2002年元月22日，新竹中會第62屆春季議會通過本會申請成立堂會之事宜。2002年3月31日，於本會舉行升格堂會感恩與首任牧師-張德謙牧師就任禮拜。2007年七月，信徒和會監選投票通過邀請邱瓊苑牧師前來牧養。2011年12月18日舉行臨時會員和會，通過連江河牧師為本會第三任牧師之監選。2020年6月7日臨時會員和會通過邀請王齡偉牧師成為本會第四任牧師。

哈利路亞，感謝上主！30多年來的恩典，歷歷在目，回顧省思，唯有以謙卑的〝感謝！再感謝！〞因著親愛上主的親自感動、開拓、引領與教導，歷經六位牧者的忠心與盡心的牧養，二重埔教會如今(至2024年12月31日)有232位成人會員，75位小兒會員。2025年度主題為『以基督的心為心』、目標為『傾聽‧陪伴‧服事』，主題經文：「各人不要單顧自己的事，也要顧別人的事。你們當以基督耶穌的心為心。」（腓立比書2章4~5節）。藉著牧區與小組、兒童主日學、敬拜讚美團、聖歌隊、信仰造就、讚美操等，同心合一建立屬上帝的教會，用神的話語建立基督化家庭，繼續前行。

感謝上主選召了母會-新竹教會及二重埔教會，成就了這美好的歷史見證，一切榮耀歸予最親愛的上主。『你要為真道打那美好的仗，持定永生。你為此被召，也在許多見證人面前，已經作了那美好的見證。』(提摩太前書六章12節)。