本會係於1908年10月底在南庄舊市場邊，收買信徒林有能的房屋修理改造為講義所(地址為本鄉西村)，同時向淡水教士會申請派遣傳道師前來開拓聖工，傳道師未到以前，有月眉的傳道師陳筆，常來南庄巡迴及主理禮拜，1909年7月底派葉作乾傳道師到會，此人是南庄教會之首任傳道師，同時昇格為禮拜堂。

　　1912年6月，日籍信徒藤崎濟之助外四戶（全部日人），在（現在的地址）東村買地建造禮拜堂，以後日本信徒漸次離開南庄，至1925年日籍信徒全部移居他處，將該禮拜堂贈送台灣人教會，同時台北教士會幫助寄附七百元，南庄會友獻金八百元，合計一千五百元，將日人禮拜堂修繕及建築宿舍、廚房、工事完成，1926年1月13日移入日人禮拜堂聚會。

　　1935年4月21日早晨台灣中部大地震，禮拜堂的房頂雖沒有害，但牆壁（竹紛泥土壁）破損及廚房全倒，同年10月得到台北教士會援助二百元，當時住在南庄之日籍信徒藤崎濟之助捐獻一百五十元，南庄會友獻金六百五十元，共計一千元為修繕禮拜廳後，再建築宿舍廚房?所，1966年11月1日將舊禮堂拆除，重新建堂1967年5月12日落成。

　　1985年因禮拜堂漏雨嚴重又牧師館破舊倒塌，因此決定全部重建，於1985年3月31日破土重建，一樓為教育館及失師館，二樓為禮拜堂，於1986年元月1日舉行獻堂。因本會環境優美，於1987年5月決定擴建三樓為靈修會館，於1987年10月25日完工、獻堂。