本教會最初由英國宣教師梅甘霖牧師來傳道,由於當時清水地方極為迷信,信徒不多,且常往返於大社間,多感不便,主後1895年4月,始議租屋為敬神所,主後1896年,南部大會派遣首任傳道師楊福春來清水傳道,起初租民家於崎仟頭,聚會3年,信徒日增,主後1899年,改租民家一棟,在埔姜林聚會17年,至主後1917年,蘇育才傳道師與蔡介和長老首倡募捐,始興建磚造之會堂於現在之地點(拜堂係坐東朝西),當時稱為牛馬頭基督教會。
主後1935年,台灣中部大地震,災情慘重,聖殿完全倒壞,當時黃侯命牧師受派為中部震災教堂重修委員,與在任之羅文福牧師同心鼓舞,又得萬丹李仲義長老應援資助,重新建造現今木造拜堂(坐北朝南)主後1937年6月23日獻堂、改名為清水基督長老教會。
主後1945年(民國34年)第二次世界大戰日本投降,本堂地址改為清水鎮文昌里中興街40號,至主後1950年賴仁聲牧師在任時整修禮拜堂,將前面木造外牆改建磚造,慶祝設教55年,教勢得上帝保佑復興,主後1961年,郭中立傳道牧會時,增建禮拜堂後面做為主日學教室,改建廁所及拜堂內部改修。
主後1959年,住在梧棲的幾10戶信徒,由於距離教會較遠,故有分設之議,並獲得蔡篤驛先生之願意提供場所,本會購買房屋壹棟,設立梧棲支會,於主後1961年8月,昇格為堂會(現在改名為台中港教會)。主後1961年1月沙鹿信徒蔡金雄等數名住沙鹿鎮會友呈請設立沙鹿佈道所,由本會資助租屋,於同年4月6日沙鹿支會改屬中會直轄,不久即升格為堂會、正式命名為沙鹿教會。
主後1980年教會在清水鎮西社路59巷19號購買一棟有地下室的三層樓房,做為青少年活動之用。1981年禮拜堂再次整修,重新內部裝潢,教堂周圍空地舖水泥。
1983年再重建圍牆及鐵門。1984年禮拜堂內部地下磨石,使內部換然一新。
設教迄今120年來,得上帝憐憫、保佑與祝福之下,教會組織尚稱健全,經濟穩定,事工推行正常,聚會人數平平期待,教勢漸漸興旺,願榮耀歸於主。
其他事蹟,於主後1946年 1947年;1957年1960年間曾設幼稚園,教育鎮民子弟,成績頗佳。 主後1962年以後,約10年之間,本會未聘專任傳教牧會,教會顯得平淡。主後1971年,高集禮牧師就任本堂牧師,主後1974年6月高牧師離任,同年10月陳輝雄牧師就任本堂牧師,1988年10月16日聘宋元信牧師,1991年10月1日聘王宗白牧師,2001年9月23日離任。 2002年8月1日起聘陳崇銘傳道師並於10月27日就任本會第十任牧師,開拓新事工,聖誕節社區音樂會、復活節社區發彩蛋、母親節社區健康檢查、週末兒童營;且積極處理本會源自1936年與教會鄰舍土地交換未登記之糾紛,與設教110週年紀念特刊。
現土地交換登記業經2007年清水鎮公所調解委員會調解成立,且蒙受上帝恩典,藉由政府法令可減免土地增值稅高達272萬,讓教會得以在2009年開始籌備建堂計畫。
2015年,清水教會設教120週年,一切榮光歸上帝。