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一八七二年本莊的前輩潘迦包先生因眼疾連患三年不癒，幸得愛蘭人開山武干先生介紹，徒行前往台南接受馬雅各醫師醫治，並得道理。痊癒後與開山武干先生前來埔里社，李豹先生在愛蘭莊聚集禮拜，潘迦包先生本人則在牛眠本莊佈道，當時有十一人信主。
一八七三年二月得教師會補助三百元，由李豹先生及潘迦包先生設法租房屋開設教會，於春季就開始聚會。聘請李豹先生為本教會首任傳教師。
一九0六年因人數增多，禮拜場地嫌小因而另擇地建禮拜堂，即目前屬總會財團法人之教 會用地，建第二所禮拜堂。
一九四八年受到第二次界大戰，禮拜堂被日軍占去充當伙食地，將禮拜堂弄得面目全非，因此再重建第三所禮拜堂。
一九六九年重建仿哥德式禮拜堂，由前總會議長故謝緯牧師來定礎。第四所禮拜堂室內約 二十坪，為磚造無地基，亦無鋼筋的禮拜堂，約每十年更換一次屋瓦。1986年十月整修拜堂 內部及屋頂，1996年因屋漏嚴重，將屋更新為H型鋼，烤潻浪板屋頂，輕鋼架天花板，換裝全新鋁窗，使禮拜堂渙灰一新。
牛眠教會毀於九二一大地震，在國內外愛心人士奉獻支援下，於2001年六月十日下午假該會舉行「九二一災後重建獻堂感恩禮拜」，來自各地與會人士超過六百人參與盛會，一同見證這所「上帝拆毀、上帝建造」的禮拜堂。在九二一震災中應聲而垮的牛眠教會，歷經一年多的重建工作，禮拜堂以兼具多功能用途和甲哈巫文化的特色，坐落於牛眠山下，特殊船的造型，不但成為該部落的新地標也饒富宣教的意圖。
郭宴帛牧師表示，牛眠教會是因禍得福，若不是上帝的旨意和各教會兄姊的愛心，牛眠教會根本無法重建禮拜堂。郭牧師憶起九二一震災發生後的當日天亮時，教會的姊妹看到教堂也倒了，忍不住的和郭牧師相擁而泣。且問牧師說，禮拜堂倒了，我們還要作禮拜嗎？郭牧師堅定的說，就是這樣我們更要作禮拜。就這樣牛眠教會在空地上搭帳棚，會友經歷酷熱的夏天和炎寒冬天，渡過的八十八個主日，也在帳棚下守聖餐。第一年的聖誕節，有嘉義西門教會陪他們渡過。連續二年台中西屯教會，前來牛眠社區，舉辦聖誕晚會，與居民同樂。興村教會去年前來與牛眠教會過棕樹主日。樹林教會於九二一週年時，全教會一百八十人前來主持追思佈道會。
禮拜堂在二樓，是傳統原住民造法。屋頂是船的造型，北側斜面垂地，四根船槳連接其下，船之「生命共同體」的象徵一覽無遺。又船造於山下，如挪亞造船，有醒世之作用。教會前一圓形水泥地，無障礙斜坡婉延而上，圓代表零，是合一、是從零開始、也從靈開始。郭牧師說，我們白白受恩，唯一能回報的即是，發展社區宣教，廣傳上帝國福音；發揚、保存甲哈巫文化，才不辜負愛我們的上帝和人。
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