開拓期：本會原屬嘉義教會（現在東門教會）那時有黃岐南醫師，張登顯老師等諸位主內兄弟，因有感於雨天交通不便，乃提議推派黃岐南醫師與嘉義東門會堂磋商得其同意，並徵得水上公學校長本福三郎的同意，借用公學校教室作為聚會所，1924年8月借用劉世岳代書館聚會，1925年5月盧萬德醫師來水上開業，教勢基礎得助力而鞏固。設教期：1926年9月南部大會准許成立嘉義堂會水上支會。1927年1月聚會所租用在盧萬德醫師診所之隔鄰，同年5月聘請謝木強傳道師。同年11月30日以台南市東門町之135號卓信外一名向台南州知事申?設立認可證。教會地址在嘉義邵水上庄416番地，同年（昭和2年）12月28日獲認可設立。那時信徒增加有15，戶主日約有45名至50名聚會崇拜。各主內兄姐均為建築新新會堂目標努力，同年購得現在禮拜堂基地（水?265番地）日圓180元，但尚無禮拜的聖堂。

　　建堂期；1929年12月5日南部大會建築部許可建新教堂，在1930年新建磚造禮拜堂竣工。於1931年（昭和6年）6月19日由盧萬德長老等2名代表向台南州知事申請移轉認可證，教會聖堂移轉至水上庄水?265番地，同年8月10日得台南州以台南內教第2241號之一號移轉認可。水上基督長老教會始擁有最完整美觀的禮拜會堂。信徒主內兄姐逐漸增多。陳坤源醫師也在本地開業醫院。

　　拓展期：主後1941年12月11日升格成立堂會，開始聘任賴炳烔牧師為首任牧師，嗣因同年大地震之災害，教會聖堂龜裂破損不堪，主內兄姐皆有感必須重新建造聖堂。時由盧萬德長老陳坤源執事著手籌建，於1942年12月開始重新建築木造禮拜堂，並在1943年11月在原址新建聖堂落成竣工總工程費日幣3千，是本會第二次建堂。光復後1965年間又遭遇東山地區大地震，本會木造禮拜堂受震害而歪斜危險，施加木柱支架維持崇拜使用。主後1975年間主內兄姐都急想有一座簇新莊嚴的聖殿聚會崇拜，乃同心於第三次建造聖堂及牧師館。蒙上主恩賜，在許扶助先生來赴任後即為新聖堂而努力，接洽募捐籌備組成籌建小組，並得北榮教會李金泉先生好意為聖堂設計藍圖，於1976年5月15日開工建堂，1977年3月14日竣工。同年10月9日舉行新禮拜堂及牧師館落成獻堂式此為第三次建堂。總工程建造款計新台幣108萬餘元，欣逢設教50週年紀念，能得美麗堂皇的禮拜堂及牧師館，奉獻為主聖工之用值得永誌史頁。1980年10月許扶助先生受聘封牧為本堂第六任牧師。因牧者忠心聖工，長執會友同心事奉，先後成立青年團契，婦女團契。1995年成立松年團契，在此農村教會青年人謀職外流日多，蒙得上主恩顧，教勢尚能平穩進展。