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主後1955年太平境教會（本會的母會）為響應倍加運動，尋覓可能開拓佈道所的地點。在聖靈的引導下，於該會設教九十一週年時，決定分設三份仔佈道所。就在黃府（黃主義牧師、黃主良長老）之大厝開始宣教工作，起初，由母會派遣長老負責宣教與主日崇拜，後來得到台南神學院學生的支援。在聖靈的做工下，隔年，1956年6月16日由佈道所改為教會並舉行開設禮拜。為感謝父、子、聖靈三位一體上帝的慈愛和恩典，同時配合三份仔地區的工作，就決定採用「台南三一基督長老教會」為本教會的名稱。
經過二年多露天教會的歷程，信徒深感極需建造禮拜堂，於是在上帝的安排下，就在三份仔購得約四百坪的土地，於1958年底開始動工興建禮拜堂和牧師館，1959年6月第三主日完成建堂的工作並舉行設教三週年暨獻堂的感恩禮拜，同年12月27日中會正式昇格為堂會。
1960年代，台灣的社會轉型為工業社會，由於社會的變化帶來三份仔一帶的繁榮。社區不斷地發展，人口遽增，新的會友也增加起來。長執會開始議聘牧師牧養教會，於1964年3月教會正式聘請第一任牧師駐堂牧會，致力於學生工作，並再購買教會隔鄰的土地（約80坪）興建三樓的青年館和學生宿舍，因而，教會的發展由托兒所、主日學、青少年、青年（大專）和信徒等事工的進行，奠定了教會良好的基礎。
1974年起，教會更發展社區的工作，一方面加強幼稚園的幼兒教育，與幼兒家長的接觸，一方面積極舉辦社區才藝，文化等教室的工作，建立教會與社區良好的橋樑。並訓練長執和信徒全面參與侍奉，為教會，為社區提供更大的空間，因此，教勢猛進。1975年6月將禮拜堂向後擴建十二台尺，重新裝璜，以符合聚會人數之需求。
1984年擴建後的禮拜堂再次形成狹窄的現象，於是重建聖殿之聲響起，同年12月召開臨時和會，同意擬建地下一層，地上四樓的綜合大樓（每層約120坪，總建築坪數約600坪的建築物）雖然建築費用龐大，但眾會友同心一致，終於在1990年3月一切土木工程全部完竣。
感謝上帝奇妙的帶領，1991年6月16日於教會紀念設教三十五週年時，舉行慶祝設教三十五週年暨聖殿奉獻感恩禮拜，啟用新的聖殿做為萬民敬拜上帝之殿。即今日台南三一基督長老教會。
感謝上帝帶領阮經過五十年，在主後2006年6月18日慶祝台灣基督長老教會三一教會設教五十禧年感恩禮拜，並請三一僑(中華路教會牧師 陳光明暨長執信徒)回來同歡喜、同慶祝，並感謝高俊明牧師主禮，用黑暗中的真光勉勵信徒，朱瓊四牧師用讚美、感恩、認罪帶領祈禱。
1958年8月朱瓊四傳道師受派任本會(在台南)
1960年8月紀彰龢傳道師受派任本會(在台北)
1962年8月陳鶴齡傳道師(安息)與王南傑傳道受派在本會
1964年3月聘請首任牧師林宗生牧師，1969年離任
1969年9月紀聰男傳道繼任，1973年離任
1974年7月聘請李重義為第二任牧師，至2004年12月離任
2005年聘請王明仁牧師代理議長，至2005月10月
2005年10月聘請吳義德為第三任牧師，至2006年2月離任
2006年3月聘請徐光川牧師代理議長
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