設立日期：1964年7月5日

升格堂會：1965年8月2日

為迎設教百週年紀念並配合倍加運動，位居設教發祥地之母會看西街教會，教勢大有進步，已臻分設教會時機。隨於1964年6月14日起連續三個主日在民生路65號黃外科醫院（伍秀英長老住處）樓上聚會禮拜，出席平均三、四十人，成為錫安教會聚會之發祥地。正如耶和華如此說：「我為錫安，心裡極其火熱。」使錫安教會未曾劬勞就生產（賽六六：7.），此乃歐進安牧師為本會命名「錫安教會」之由來。

同月，蒙小會議准於中區正義街35號之3租賃店屋分設「錫安佈道所」，此時為適應一般會友之需要，舉行晚間禮拜，出席率頗佳，成為台南市舉行晚間禮拜之先聲。

1965年台南中會為達成總會提倡之倍加運動，議准於5月30日開設支會，成為PKU最後之馨香成果，即達成四四六間之教會。同年8月2日南中第三十五屆秋季議會，通過本堂昇格為自治堂會，接納吳豪傑長老為正議員。9月12日本堂喬遷新址做禮拜，新堂位於西門路6巷6號（即現在正興街12號曾旺根長老之宅）會友日增。

1980年標語為「我們起來建造」；獲稟請募捐後，時劉富敬牧師於1月起至6月止分向南中各教會募捐重建聖殿，會友各自6月起實行建築奉獻24個月，逐手計劃易地建造新殿，並出售原址，改移至建國路14號聚會，此為劉華義牧師無條件以其自宅提供及至新堂落成。

1982年新堂竣工，於9月5日舉行設教十八週年暨獻堂典禮，本堂至此根基奠定，規模具備。

1999年10月24日召開臨時和會通過購買隔鄰3樓透天厝，經整修後成為本會教育館，主日學與主日禮拜同步進行，增加幼兒班與成人班，同時利用每週六下午開放教育館一樓為社區老人卡拉ok服務中心。

1965年9月12日本會遷到正興街12號繼續聚會，9月28日舉行本會昇格堂會及第一任牧師郭東輝牧師就任授職特會。1970年9月27日第二任牧師高明輝牧師就任，1974年11月12日第三任牧師劉 富敬牧師就任，1985年8月18日第四任牧師梁勢和牧師就任，1987年8月30日第五 任牧師林文哲牧師就任，1991年11月17日第六任牧師王南傑牧師就任，1998年 9月27日第七任牧師楊恆銘牧師就任，2015年7月5曰第八任牧師李佳民牧師就任，2019年3月24日第九任牧師陳嘉賢封牧並就任，2023年12月31日第十任牧師何瓊花牧師就任。

因有上主的保守及眷顧，全教會一直在成長，譬如50週年慶，全體會友同心協力擴大慶典，在臺南大學雅音樓舉行大型音樂會、並辦二場演講會邀請蔡英文總統及臺灣史專家李筱峰教授主講、編印紀念精美50週年紀念特刊。