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主後1898年，阮振德傳道師來關廟山仔腳販賣醫藥，並傳福音共四年，慕道者約10餘名。主後1902年他得醫師執照之後就遷移他鄉開業行醫，慕道者長期失培養而四散，福音推展事工因此中斷。
主後1906年，蔡得一醫師由嘉義來關廟山仔腳開業行醫並熱心傳道理，該年開設佈道所，慕道者漸增加，主後1907年佈道所由山仔腳遷移來關帝廟街，5年後因蔡得一醫師決定要回故鄉歸仁六甲村行醫，並開創染布業，為方便關照佈道所和傳福音的事工，因此決定於主後1912年8月底將佈道所遷移來歸仁鄉歸仁北167號，並照原名稱為關帝廟支會，歸仁北地段古時候稱為香果宅，故日據時代台南群城長老會記事冊稱本會為香果宅支會，又因歸仁鄉原地名叫紅瓦厝，故當時的教會公報都用「紅瓦厝禮拜堂」這名稱，直到主後1917年7月26日從台南廳得到遷移許可證之後才將關帝廟支會改為歸仁北支會（台南廳指令第755號）。
主後1918年第一次設立三位長老三位執事，主後1920年昇格為自治堂會，並於同年4月聘楊世註牧師為本會第一位牧師，主後1921年第一次重建聖殿。主後1964年開設保西佈道所，1970年創辦博愛託兒所，1981年增建教育館，1982年開辦野外主日學，1985年第二次重建聖殿，1986年12月26日舉行聖殿奉獻暨設教80週年感恩禮拜，1988年1月由美國聘吳文囿牧師回台灣再次牧養歸仁教會。
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