本教會係一群基督徒為了信仰理念分別於1995年9月25日、10月23日、11月6日在許順忠、林金河兄弟之家相與聚集查經禱告會來開始，在會中多數信徒決心組立新教會經與會多數贊同並舉手議決而積極籌備開拓新教會並公推鄧正宗、鄧正新、陳炯德、高雪英、林惠美、池舜田、蔡明傑等七位為籌備委員，由鄧正宗為總召集，積極著手各項籌備事宜，期待同年11月26日感恩節正式禮拜。籌備期間臨時租借涂忠男長老興建大樓第五樓做為會堂，位於東門路東門城邊。又蒙受主兄弟姊妹奉獻講台、鋼琴、座椅、音響等多項設備並於同年11月18日、11月25日之週末下午有二十多位兄弟姊妹傾力協助，同時打掃會堂，搬運各項設備，每一位兄弟姊妹充滿掩不住的喜樂，壓抑不住的情緒不時溢於言表，當時全體兄弟姊同心決意以經營福音事工，宣揚見證主的真理來實踐榮神益人實現基督王國在地如同在天的誓願。
     
     奈因尋覓前來講道之牧者不易，經商洽孫鴻鎮牧師首肯協助終能於1995年11月26日感恩節正式首次禮拜。當日承蒙陳添登牧師以「神恩滿溢」的主題證道，有八十位兄弟姊妹參與禮拜。已分散之兄弟姊妹再次相聚，喜悅之情充滿會堂，當日禮拜後召開全體會友座談會，由會友提出開拓教會多多建言，並公決教會名稱為「迦南教會」同時增選許順忠、陳淑珍加入協助建立教會各項事工。
     
     1996年9月另租會堂遷移健康路一段152號第五樓做為教會至今。
     
     本教會現有13間教會信徒所組合，名譽長老1位，長老5位，執事7位，禮拜出席平均74名。
     1998年5月申請加入台南中會，經台南中會第68屆秋季議會通過接納為台南中會屬下堂會，並派蔡安祿牧師為本會小會議長。
     1998年10月11日會員大會投票監選通過敦聘孫鴻鎮牧師為本會第一位牧師。
     1999年1月3日中會派許宗光牧師、蔡嘉元牧師、蔡安祿牧師、王明仁牧師、胡月美長老等特會主持孫鴻鎮牧師就任本會首任牧師授職典禮。

2013年起，開始建堂，新禮拜堂位於府連路，預定2015年底完工獻堂。照片為迦南教會新禮拜堂建築。