十二石教會的前身為台南南門長老教會國語部。南門教會原為高砂町說教所。1937年向中會申請設立教會核准。1939年為台南中會直轄支會。1946年沿用原屬日本聖公會禮拜堂作為聚會場所。1948年正式改名南門教會，開始台語講道、翻譯國語。1950年1月台南南門教會升格為堂會，5月即開始國語禮拜，為台灣基督長老教會第一間使用國語禮拜的教會。1951年，敦請王美瓊教士為南門教會同工，協助國語、台語二部工作。1952年8月敦聘閻靜平牧師為國語部專任牧師(南門教會副牧)，並於1953年1月2日舉行閻牧師就任典禮。(詳見台灣教會公報1953年3月刊第15頁：南門通訊) 。
期間國語部參與南門教會1959-1961年及2000-2004年兩次的教會重建。
經過近60年的發展，國語部大大增長，因此最後演變成國語、台語二部的諸多紛擾。中委會遂成立善處兩部問題的小組，經過善處小組多次協商，決議由「國語、台語、中會」三方簽訂「台南中會南門教會台語部、華語部協議書」。共同使用南門路教會場地。2009年7月9日成立台南南門國語教會(堂會)，敦聘李天慈牧師及黃豐明牧師為第一任牧師。爾後雖有「大樓管理委員會」，使本會經歷許多的試煉，卻更體會神的恩典顯多。
經台南中會努力協商，遂於2014年7月10日台南中會第84屆秋季議會通過，台南中會財團法人所屬建平十四街新南段42之6號土地予本會作為聚會建堂用地。南門教會並依2014年「南門教會與南門國語教會協議書」，返還南門國語教會二千四百萬（此為國語部為南門教會建堂期間的部分奉獻），8月6日將款項匯入中會帳戶。
2014年11月起，在建堂期間，南門國語教會在郡王里活動中心禮拜，唯弟兄姊妹不因外在環境影響，仍保持敬拜上帝的熱忱。2015年7月9日台南中會85屆秋季議會正式通過「南門國語教會」更名為「台灣基督長老教會台南中會十二石教會」簡稱「十二石教會」。
建堂自2014 年9月16日成立用地建堂委員會，奠基的日期2015年12月20日，至2017年9月全部竣工，歷時3年時間，總工程經費約五千萬元，並於
2017年12月24日舉行獻堂感恩禮拜。
黃豐明牧師(2020年10月)及李天慈牧師(2023年3月)分別盡程退休後，僅短暫歷經無牧期，同年8月敦聘劉立仁牧師為第二任牧師，2023年8月13日舉行就任授職感恩禮拜。
