陳阿水全家族自光復加禮洞遷居到今日的吉拉卡樣部落，翌年，劉阿福家族受陳阿水全家影響，接受主耶穌為救主，劉阿福家族亦搬遷至吉拉卡樣部落，此兩戶每逢禮拜日就在自家的簡陋茅草屋裡虔誠敬拜神，或是徒步涉水到鎮上的鳳林教會及草鼻教會（即今日的中興教會）聚會。
上帝眷顧困苦和窮乏的人，歷經3 年，戶數增加為5 戶( 劉阿福、曾萬福、陳阿水、黃松德)，信徒總人數達14 名，由黃松德弟兄擔任長老，曾萬福弟兄擔任執事，婦女會長林金花，副會長鄭秀蘭。草創期，他們在艱困的經濟環境中，不辭辛勞、默默耕耘、一點一滴累積奉獻，凝結全體的力量，建造以木頭牆壁、茅草屋頂的禮拜堂，定教會名稱為「山崎教會」( 以日文命名)。禮拜堂在1953( 民國42 ) 年 9月10 日落成，教會同時聘請鳳林長老教會高阿賢牧師兼任協助聖工。
吉拉卡樣部落土壤極為滋潤肥沃，前來耕耘闢地的人數及遷居的戶數逐年加增，成人會員有77 名，總人數近百人，漸漸形成了一個阿美族的小部落。由於本部落信徒的熱誠、敬虔，和光復以及草鼻教會同心傳福音，以信心、愛心引導慕道友認識真神，因此信徒倍增，主日禮拜時禮拜堂爆滿，難以容納。於是大家齊心合力，在第四鄰購買一塊地，決議重新擴建教會。
1954 年，小會接納中會派任洪川幸傳道為本會第一任牧者( 任期為1954 ～ 1960 年)，新堂於1958 ( 民國47 ) 年9 月20 日落成，命名為山興教會( 後改為今日名稱，吉拉卡樣教會)。
由於木造茅草禮拜堂經不起腐蝕，教會進行第三次改建，1962 ( 民國51) 年4 月10 日落成。當時，教會信徒總戶數30 戶，成人信吉拉卡樣教會徒有57 名，獻堂典禮由洪川幸傳道主禮，並有王川榮傳道勉勵。
之後，教會第四次改建，搬遷至現今地址。
1982 ( 民國71 ) 年立基動工，典禮由黃松清牧師主禮。
1960 年代，台灣工商業崛起，都市工作待遇優厚，生活需求逐漸提升，吸引不少務農的信徒轉往都市發展，直接影響吉拉卡樣部落的人力、物力和發展。因此，信徒戶數直趨下降到8 戶。教會有一段長時間呈現無專職駐堂牧者狀態。教會由黃松德、黃松喜兩位長老，和曾萬福、鄭秀蘭兩位執事，負責管理。
