督旮薾教會的位置在東台灣花東縱谷的中心點（台193 號公路旁），玉里鎮的東方10公里處，與玉里鎮隔著寬闊的秀姑巒溪，左邊伴著花東海岸山脈，右邊面對的更是雄偉高大的中央山脈。
初期福音種子的萌芽，並未直接與英國差會在南台灣的宣教，或馬偕博士加拿大的差會在台灣北部的宣教有任何的牽連。只是在成長過程中，聖靈的工作與地域的緣故，自然成為台灣基督長老教會總會屬下的教會。
早期部落已有四戶耶和華見証人會信徒，後因故林文生老弟兄於日據時代被迫徵召入伍，投入日本在南洋和中國的戰場上，所幸免於戰亡。服役期間，經歷了基督的救恩，返鄉後，心中火熱，對其弟陳枝左及其親人辨明真道，使原本是耶和華見證人會的信徒，改信基督。當時已10 戶信徒。
1945 年，許南免牧師在觀音山教會( 現稱加蜜山教會) 駐堂牧養，平地與原住民阿美族一起敬拜上帝，盛況空前，主裡合一。根據觀音山教會歷史資料中記載，有阿美族信主更早的紀錄。1916 年10 月21 日，兩戶阿美族中涂恩綢由宋忠堅牧師施洗，成為觀音山教會之陪餐會員，堪稱全台原住民中之第一位基督徒，比太魯閣族的宣教先輩芝菀1923 年在花蓮港教會信主之記載更早了八年。
1921 年，涂恩綢被選為長老，因著涂恩綢長老與阿美族的宣教師許南免牧師在觀音山教會同工之關係，使阿美族歸信基督徒的人倍增，兩族信徒同心敬拜、敬畏上帝，克服語言上的障礙，甚至禮拜的人擁擠到教堂外，站立聽道。
在觀音山教會一年的聚會，聖靈感動林清吉(Asing. ’Afo)、張忠吉( 張秀玉長老之父)等人與族人信徒商議，全體信徒一致首肯，離開觀音山教會，以督旮薾部落集會所為臨時禮拜堂，並設立了林清吉(Asing. ‘Afo)、林新發(Koyoc)、林信榮(Namoh Mayaw)、張忠吉(Motuh) 等四位為第一任長老。那時信徒數約有200 位，分別由宮前、高寮、督旮薾三個部落聚集禮拜。1951 年，黃慶豐牧師受派駐堂牧會，並致力於宣教的聖工，在聖靈的感召下，人數繼續的增加，也擴展了宣教異像使命。黃牧師先後亦在高寮與宮前牧養主的羊群。
高寮與宮前的信徒遷移各自設立教會之後，長老任期屆滿，並改選長老，由張忠吉(Motoh)、簡正金、簡木源、林金貴等當選。由陳枝左等六人擔任執事。在部落集會所禮拜的四年間，每逢雨天，禮拜堂呈現漏水越加嚴重。黃慶豐牧師與長執商討之後，信徒一致贊成建設新堂，教會在熱切期盼新堂之下，向米場借了200 包的稻榖變賣，得款42000 元，作為第一期施工周轉金。阿美中會聘任正在玉山神學院任課的張雲錦牧師為巡迴牧師，由他提議向
玉山神學院調借製磚之器具，於是全體信徒動員至秀姑巒溪邊搬運砂石，自行製造空心磚建堂。
原本教會之現址只有70 坪，陳枝左長老當時已購買了現今教會所在地( 二分地)。經商量後，願將自己的土地與教會土地交換，並由教會貼補陳氏75 包的稻殼，未料教會無力償還45 包稻殼，陳氏夫婦看見教會的困境時，藉著禱告尋求神的心意後，願將教會所欠之45包稻殼，全數奉獻給教會，使得教會擁有現今寬廣之面積。當年玉山神學院畢業生周烏斗畢業後，隨即受阿美中會分派至本會協助推展聖工，前後達七個月之久。
建堂時間共四年多，由謝文原( 宮前教會長老) 設計，陳富貴長老分配工作、監督工程。工作人員分成六組，每組共13 人、兩位建築師父，輪班交替，直到架構完成，但尚未把牆磨平(SiaKi)。
賴尚文宣道師來接續牧養時，教會仍背負債務，信徒收入只夠繳欠200 包米的利息，為了還清教會債物，陳枝左長老承包輸導水道水門工程一年，淨賺70000 元，償還教會所有債務。建堂工程耗資新台幣27 萬元，其中孫理蓮宣教師捐獻40000 元，信徒也向張雲錦牧師父家承租八分地之稻田四個月，收入共2000元整。在信徒的齊心努力下，所有的工程陸續竣工，並於1967 年10 月2 日獻堂感恩禮拜。
張進財牧師到任二年後，計劃興建牧師館，龐大的經費不知從何來，但本著「在神沒有難成的事」的信心，而承包砍甘蔗的工作，每天四台車，由張秀玉、陳枝左長老擔任領班。原本應資付信徒的工資，信徒們一致奉獻在牧師館興建的工程經費上，合計工資共有12 萬元，使上帝的僕人不再受房屋漏水之苦。一切硬體都設計好了，信徒的信仰也不斷地成長茁壯，為主做見證。部落的一切活動皆
由教會主導，頭目也在信徒中間選舉產生。
