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1947年八月28日駱先春牧師辭去淡江中學教執工作前來台東對原住民地區展開宣教的聖工。同年12月12日在高端芳府上聚會設立。除此外，駱牧師亦前往台東沿線為阿美、普悠瑪、排灣地區之原住民開拓宣教。1954年聚會由寶桑遷至開封街(衫原府上)劇會， 1956年再遷移至強國街並正式命名為【寶桑教會】，後於1957年12月12日舉行設教10週年慶典。1958年馬好留牧師受派前來負責台東區宣教巡迴工作，特別協助本會教會事工。1963年教會再遷至漢口街，教會正式易名為【馬蘭教會】又經馬牧師之協助得到美南差會主日學之關心匯款協助興建聖堂，1967年09月10日興工破土，張天成牧師駐牧傾心推動教育事工及家庭小組之輔導1968年06月21日舉行獻堂禮，1970年01月01日教會昇格為自治堂會。
1984年02月20日林金稜牧師受聘駐牧本會，繼續福音事工之推展並策劃因現有教會之所在地狹小，交通又不便研議遷移禮拜堂至臨潼街（現址）。1986年10月12日舉行興工破土禮拜籌建新堂。在此期間教會相繼聘任朱春花、陳世傑擔任教會教育幹事及副牧之職。新堂終在1988年10月25日舉行獻堂暨設教四十週年聖典。
1992年02月16日顏約翰牧師應聘擔任本會第四任駐堂牧師，顏牧師致力推動市區鄉村化之生活與信仰。福音宣揚，曾多次帶領會友部落宣教，分發福音單張，全省詩歌巡迴演、唱推動教育、老人關懷、母語教學、技藝傳承、社區營造、為此增建教堂第三樓為教育中心，實際推展教會在這個社區之重要角色。馬蘭教會成為台東地區宣教之門戶，尤其對2000年初葉更以福音宣揚為主，力倡心靈改革，提昇原住民生活本質，藉萬事榮耀主名。
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