南原長老教會在1988年兩處原住民聚會所合併為一間教會，命名為「大灣聚會所」並歸屬於排灣中會。2000年更名為「南原教會」且升為支會；2010年升格為堂會，並舉辦盧玉香傳道封立牧師暨就任南原教會第一任牧師授職感恩禮拜。2012年開始積極籌畫購置永久會所，於2014年進行購堂簽約，2015年開始使用新堂聚會。

    教會的特色是門徒培訓，內容有：總會教材、冠冕理財有道、親密之旅。2016年教會加入了中華基督教福音協進會芥菜種轉化計畫，聚會模式由家庭禮拜轉為小組聚會，目前設有五個小組，除了參加小組長訓練，牧者也固定參與台南協進會牧者聚會。

    其次特色為多族群文化，教會目前有排灣族、布農族、漢族、阿美族、卑南族、太魯閣族、泰雅族及外省人等八個族群。如此多元的我們雖有不同的背景、觀點與特質，卻也為南原教會帶來多元且豐富的敬拜方式。