本學院由台灣基督長老教會北部大會為紀念設教八十週年，特邀加拿大長老教會、與美北長老教會於1952年9月16日合作創立，定名為「私立台北聖經學院」，由台灣神學院院長孫雅各牧師暫兼院長，校址在台北市中山北路台灣神學院內。

1955年六月底台灣神學院遷移嶺頭後，本院亦南遷竹北，租貸民房為院舍。1957年8月北部大會為強化總會實現南北合一之主旨，將本院移交台灣基督長老教會總會管轄經營，改名為「（私立）長老會聖經學院」，校址在新竹縣竹北鄉竹北市場邊。1959年北部大會以新台幣四十五萬元購得現址之土地。1962年由竹北遷移至現址，改名為「台灣基督長老教會聖經書院」。

本院學制原為三年制，從1960年改為四年，即普通科兩年、本科兩年。本科分為聖經、基督教教育及幼稚教育三科。1962年二月開辦仁光幼稚園，該年六月廿八日舉行建校十週年暨院舍落成奉獻典禮及本科第八屆、普通科第一屆畢業典禮。同年十一月八日開辦聖經函授科，課程分中、英、日、羅馬字四種版本。1963年開辦信徒訓練工作。

1966年美南海外宣道會將本院一切產權及經營移交總會，並由總會選派十三名組成新董事會正式接辦經營本院。1969年九月董事會議決聘王英世牧師為專任教師兼代院長。1970年十月開辦山地青年汽車駕駛訓練及一般電器修護班。1972年開辦短期職業訓練事工，同年聘王英世牧師為院長。1974年增設教會幹事科，培育青年成為教會中堅。1975年開設土木班，提供職業訓練，造就青少年。1979年更名為「台灣基督長老教會聖經學院」。1982年十月廿五日舉行建校三十週年紀念大典暨信徒訓練大樓破土典禮。1982年增設基督教語文系英文組。1987年七月成立教會音樂系並全面改制實施四年制大學教育。1989年二月舉行室內溫水游泳池開工禮拜。同年四月總會松年事工委員會與本院合辦「松年學苑（大學）」，設校本部於本院，本院院長為松年大學之教務副校長。1990年八月聘請獲得美國哲吾大學哲學博士學位的林瑞隆牧師返國擔任教務長。1992年六月十三日舉行四十週年院慶。2000學年度入學考試改採甄試及英文能力測驗方式，同年年底新建綜合教育大樓一座。